Следовательно, новая война между Москвой и Речью Посполитой была неизбежна. К тому же и срок Виленского перемирия осенью уже кончался (напомним, 24 октября/3 ноября). Однако внешняя политическая ситуация усложнилась для Москвы. В Литве развернулось национально-освободительное движение. В Украине казацкая старшина во главе с гетманом Выговским перешла на сторону короля? На севере шли бои со шведскими войсками. Три фронта, это уже чересчур. Поэтому 21 июля 1658 года в Москве было подписано предварительное перемирие со Швецией, позволившее царю высвободить силы и возобновить войну в Литве.
В Украину с большой армией ушел «Мстиславский мясник» — князь Алексей Трубецкой. Предполагалось, что он сможет убедить Выговского остаться на стороне Москвы. Как мы знаем, его поход кончился разгромом под Конотопом. И все же Москве повезло. В октябре 1659 года гетманом стал Юрий Хмельницкий, который на переговорах в Переяславе принял новые условия московского царя. Одна из статей этого соглашения гласила: «в городех, и местах, и местечках на Белой Руси /Литве/ ныне и впредь залогам черкасским /казакам/ не быти».
Тем не менее, положение московских войск в Литве в 1658— 59 гг. резко ухудшилось. Шляхта, горожане, крестьяне, присягнувшие царю, в массовом порядке «ломали» присягу и выступали с оружием в руках не только против московитов, но и против той части населения, которая поддерживала их.
К тому времени оккупационная армия понесла большие потери убитыми и умершими от болезней, инвалидами, а также дезертирами. Например, боярин Никита Одоевский сообщил, что за 1655 год и 8 месяцев 1656 года из Вильно убежали «неведомо куда» 47 детей боярских и 410 драгун. Численность почти всех оставшихся в Литве московских гарнизонов сильно сократилась.
Правительству пришлось ввести смертную казнь за дезертирство, принять ряд других мер для борьбы с этим явлением. Например, в Вязьме, Белой, Рославле, Брянске, Серпейске, Ржеве были учреждены специальные конные заставы для поимки дезертиров, пробиравшихся к своим домам.
В 1657 году полоцкая шляхта жаловалась царю, что московские ратные люди «насилством ночью на маетности шляхетские и на крестьянские дворы... находят и наезжают и огнем жгут и до смерти побивают». Даже полоцкий православный епископ Кал ист, убежденный сторонник царя, не выдержал и написал воеводе Ивану Хованскому письмо в котором задал ему риторический вопрос:
«Зачем столько неправды, грабежа, страданий и убийств в городах и деревнях, в лесах и полях, почему в повсюду слышится плач и льются слезы».
В дополнение к ужасам войны, в 1654—1658 гг. в Литве бушевала эпидемия чумы, занесенной из Московии (от нее умер в Минске и царский воевода Федор Арсеньев), а с 1656 года начался еще и голод. Слуцкий шляхтич Ян Цедровский писал:
«Голод страшный настал, который продолжался аж до урожая 1657 года, так что котов, собак, дохлятину всякую ели, а на последок людей резали и тела человеческие ели и трупам умерших людей в гробах лежать не давали».
На оккупированных землях московские власти в 1654—1656 гг. запретили деятельность всех конфессий, кроме православной. Униатские и католические храмы и монастыри были закрыты либо переданы православным попам. Только слета 1656 года, пытаясь привлечь на свою сторону шляхту и мещан, они разрешили католикам отправлять их обряды западнее линии, проведенной по реке Березина, за исключением Вильно и Гродно. Но на практике никто не мог защитить католиков от произвола православных попов, пачками присылавшихся в Литву из Москвы и пылавших ненавистью к «латинянам». Например, тот же полоцкий епископ Калист закрыл костел в деревне Альбарочицы в Ошмянском повете, а его служителей велел арестовать, и они сгинули неизвестно где. Что касается униатов, тем не было ни малейшего снисхождения. Царь постоянно требовал: «уния должна быть уничтожена». Все униатские храмы закрывались, их священников казнили, прихожан силой заставляли переходить в православие.
С первых дней войны и все время оккупации, в соответствии с указом Алексея Михайловича от 30 июля 1654 года, осуществлялся планомерный вывод в Московию литвинских ремесленников и крестьян, где их превращали в крепостных, т.е. в рабов. Имеются документы, свидетельствующие о том, что Алексей Михайлович запланировал переселить в Московию 300 тысяч литвинов для пополнения убыли населения от эпидемии чумы.
Узаконенная охота на людей велась самыми бесчеловечными методами, причем вероисповедание жертв не играло никакой