С 6 декабря 1941 года служба войск НКВД по охране тыла Центрального фронта приобрела иное направление. Задачи по наведению порядка на дорогах были выполнены. Назрел вопрос о задержании на освобожденных от оккупантов территориях ставленников и пособников врага, изменников Родины, о сборе трофейного и бросового оружия. Все задачи решались сугубо войсковыми методами. Ни бригад содействия, ни тем более агентуры на связи не было, не было налаженных контактов с местным населением.
Тыл Ленинградского фронта охраняли пять пограничных полков, пограничники Ханко и подчиненные в оперативном отношении истребительные батальоны г. Ленинграда. До сентября 1941 года охрана тыла осуществлялась сугубо войсковыми, пограничными методами службы на основных коммуникациях. Кроме того, проводились оперативно-войсковые действия по выявлению и уничтожению националистических и уголовного толка бандформирований, десантов противника. Когда приблизился фронт, из личного состава войск НКВД была сформирована 21-я стрелковая дивизия, которая вела потом боевые действия на южных подступах к Ленинграду. Были сформированы еще два полка, которые приняли участие в боевых действиях: один сражался в районе Луги, другой оборонял Чудово. В сентябре месяце, когда противник начал предпринимать попытки форсировать р. Нева, для прикрытия направления была сформирована боевая группа численностью до стрелкового полка из личного состава войск НКВД и истребительных батальонов. Кроме того, до 1000 человек из числа пограничников было направлено в тыл противника для боевых действий в качестве партизан. В связи с трудностями продовольственного снабжения города и армии в декабре месяце в Ленинграде и прифронтовой полосе появились группы мародеров, грабителей, которые совершали нападения даже на автомашины с продовольственными товарами, с трудом пробивавшиеся по льду Ладожского озера в блокадный город. Беспощадную борьбу с преступным элементом вел личный состав 104-го пограничного полка, других частей, и бойцы истребительных батальонов.
В декабре 1941 г., в январе и начале февраля 1942 г. служба войскового заграждения, по существу, была прервана из-за трудностей с обеспечением личного состава питанием. От истощения люди выбывали из строя один за другим, имели место случаи с летальным исходом.
Фронтовая норма для личного состава составляла 500 граммов хлеба и 50 граммов мяса в сутки, да и то в случае наличия. Бойцы истребительных батальонов получали гражданскую норму – 250 граммов хлеба и изредка еду из армейского котла. На почве истощения имели место случаи взяточничества, когда бойцы за кусок хлеба отпускали задержанных граждан и военнослужащих.
Уже с первых дней войны оперативная обстановка в прифронтовой полосе Северо-Западного фронта оказалась исключительно сложной. В период 26–28 июня 1941 года 8-я и 27-я армии отходили от границы в сторону Риги. Как грибы после дождя, повсеместно начали появляться и вести активную враждебную деятельность националистические формирования На многих крышах Риги сидели автоматчики, которые обстреливали идущие армейские колонны. В ночное время сигнальщики ракетами показывали немецким самолетам места расположения войск и боевой техники. За два дня напряженной работы пограничниками было задержано 126 автоматчиков и сигнальщиков и несколько десятков сбито с крыш огнем из винтовок. Так уж получилось, что войска по охране тыла во время отступления фронта оказывались в различных ситуациях. В одних случаях части сумели приобрести опыт несения службы в условиях, когда войска фронта занимали оборону, в других – когда вели наступление, совершали вынужденный или плановый отход. Обобщенный опыт лег потом в основу инструкций и наставлений деятельности войск НКВД по охране тыла в зависимости от положения фронтов. В прифронтовой полосе Северо-Западного фронта в период стабилизации фронта осенью 1941 года впервые за годы Великой Отечественной войны было проведено отселение местного населении. Вход в закрытую зону и выход из нее осуществлялись только по разрешению военного командования. Нарушившие запрет лица задерживались. В это время основной задачей службы в прифронтовой полосе являлась борьба с бандами, националистическими группами, преступным элементом.
Наиболее ответственной частью деятельности войск НКВД по охране тыла являлась работа фильтрационных пунктов (ФП). По опыту работы на границе в каждом подразделении и части определялось место, куда доставлялись задержанные на КПП граждане и военнослужащие для выяснения личности и причин нахождения в данном месте.