Первоначально военнослужащим и работникам милиции, прибывшим в поселок Буденновский, митингующие какого-либо сопротивления не оказывали. Но в дальнейшем, подогреваемые призывами организаторов и явных провокаторов, стали расчленять подразделения на мелкие группы. Военнослужащие, таким образом, были растворены в массе скопившихся людей. Некоторые офицеры и солдаты получали от хулиганов пинки, удары. Несколько человек впоследствии были госпитализированы. Погромщики опрокидывали служебные машины, приводили их в негодность. В то же время толпа продолжала препятствовать нормальному функционированию железной дороги и фактически заблокировала ее. Отдельными бесчинствующими лицами была захвачена газораспределительная станция, вывод которой из строя ставил под угрозу функционирование не только промышленных предприятий, сосредоточенных в поселке Буденновском, но и обеспечение газом всего города. Подразделениям одного из полков внутренних войск удалось выдворить погромщиков из газораспределительной станции и взять ее под охрану. Работниками милиции за совершенные бесчинства были задержаны и доставлены в Новочеркасское городское отделение милиции более 30 человек, непосредственно участвовавших в погромах. Предвидя, что подрывные действия могут перекинуться в город, воинам этого полка было дано указание взять под охрану и подготовить к обороне горком партии и горисполком, горотделы милиции и КГБ, госбанк, тюрьму, почту, телеграф и радиостанцию. Одновременно по приказу командующего войсками СКВО генерала армии Плиева в ночь на 2 июня 1962 года к электровозостроительному заводу были направлены несколько танков и личный состав на бронетранспортерах. Такое распоряжение командующий округом получил от членов Президиума ЦК КПСС Кириленко и Шелепина, прибывших в Новочеркасск 1 июня 1962 года. Это указание было одобрено Председателем Президиума Верховного Совета СССР Микояном и секретарем ЦК КПСС Козловым, прибывшими в город днем позже, а также по телефону министром обороны СССР Малиновским.
Дальнейшие события развивались следующим образом. Утром 2 июня 1962 года в Буденновском собралось несколько тысяч демонстрантов, в том числе женщины и дети, которые колонной направились в Новочеркасск. Целью этого шествия было добиться отмены условий, снижающих жизненный уровень рабочих, и освободить содержащихся в городском отделении милиции задержанных 1 июня в районе НЭВЗ наиболее «активных» участников митинга. Зная о готовящемся походе, находившиеся в 1-м военном округе Новочеркасска Кириленко, Шелепин, Плиев, Басов, а также Иващенко (начальник политуправления — член военного совета СКВО), Стрельченко (начальник УВД по Ростовской области), Тупченко (начальник УКГВ по Ростовской области), Замула (председатель Новочеркасского горисполкома) и другие должностные лица приняли решение заблокировать танками и бронетранспортерами единственный путь в город — мост через реку Тузлов.
Руководствуясь этим решением, командующий округом генерал армии Плиев приказал командиру подразделения выставить на мосту 9-10 танков и несколько БТР. При этом военнослужащие были со штатным оружием, с боеприпасами и никакой команды на применение оружия против демонстрантов не получали.
Прибывшая примерно в 10 часов 2 июня к мосту многотысячная колонна демонстрантов проигнорировала требование командования прекратить шествие. Часть демонстрантов беспрепятственно перелезла через установленную на мосту бронетехнику, а часть по мелководью преодолела реку Тузлов вброд. Сомкнувшись на противоположном берегу, колонна продолжила движение.
Упредив демонстрантов, в здание горкома партии и горисполкома прибыли Кириленко, Козлов, Микоян, Ильичев, Полянский, Шелепин, ответственные представители центральных органов КГБ генералы Ивашутин и Захаров, заведующий отделом ЦК КПСС Степаков, заместитель заведующего отделом ЦК Снастин. Когда демонстранты находились у площади Революции (примерно в 4–5 км от здания горкома и горисполкома), Козлов доложил в Москву Первому секретарю ЦК КПСС Хрущеву об обстановке и попросил разрешения отдать через министра обороны СССР и командующего войсками СКВО распоряжение на пресечение с помощью военнослужащих возможных эксцессов.
Как видно из докладной записки и.о. начальника внутренних войск МВД РСФСР генерал-майора Чугунова и начальника политотдела внутренних войск полковника Болдина, адресованной министру внутренних дел РСФСР Тикунову, к рассвету 2 июня 1962 года из Ростова-на-Дону были подвезены и выданы всему личному составу внутренних войск оружие и боеприпасы. В связи со скоплением на центральных улицах Новочеркасска многотысячной толпы и провокационными действиями накалявших обстановку отдельных хулиганствующих групп в 10 часов 2 июня все подразделения названных войск были приведены в боевую готовность.