К 1777 г. Новиков основал журнал «Утренний свет», являясь к этому времени уже активным членом ордена «вольных каменщиков». Естественно, это наложило в некоторой степени на журнал отпечаток мистицизма. Поэтому неудивительно, что в журнале много внимания было уделено религии и философии. А собирались московские масоны на Тверской улице, в Английском клубе, у родного брата поэта Хераскова.
Новиков становится редактором газеты «Московские ведомости» и арендует Московскую университетскую типографию. Для Москвы это было необычное явление, так как, кроме университетской типографии, помещавшейся на втором этаже здания у Воскресенских ворот Китай‑города, в старой столице существовала еще только сенатская.
В рамках Московского университета типография являлась основным источником умственной пищи. Но пища‑то была куда как скудна: всего сто семьдесят наименований книг. И вот тут‑то Николай Иванович проявил себя настоящим организатором. Прежде всего, он резко увеличил выпуск книг самого разного содержания, что сразу же сказалось на числе подписчиков: от прежних шестисот до четырех тысяч человек.
«Россия училась говорить, читать и писать по‑русски по книгам и журналам, издаваемым в Москве», – писал поэт Петр Вяземский. Но деятельность просветителя и книгоиздателя не ограничивалась только Москвой. Желая видеть грамотными своих соотечественников, он содействует открытию в семнадцати городах России первых книжных магазинов. По его инициативе выходят более тысячи названий книг. Его стараниями в России впервые издаются сочинения Бомарше, Вольтера, Дефо, Мольера, Свифта, Руссо, Шекспира, сотни произведений отечественных писателей. Книгоиздатель привлекает к работе просвещеннейших людей России. В переводе исторических трудов принимает участие А.Н. Радищев. Первое периодическое издание для детей – «Детское чтение для сердца и разума» – редактирует Н.М. Карамзин. Основоположник русской агрономии А.Т. Болотов работает над «Экономическим магазином». Оценивая деятельность Новикова, В.Г. Белинский писал: «…Царствование Екатерины II было ознаменовано таким дивным и редким у нас явлением, которого, кажется, еще долго не дождаться нам, грешным. Кому не известно, хотя бы понаслышке, имя Новикова? Как жаль, что мы так мало имеем сведений об этом необыкновенном и, смею сказать, великом человеке!»
Книгоиздательство расширяется, увеличивается тираж книг, Московскому университету стало тесно хранить в своих стенах издаваемые Новиковым книги. Да и своя частная типография требует дополнительных помещений.
Тогда Новиков инициирует создание первого в России книжного издательства на паях – «Типографской компании». Для размещения компании он и покупает дом в Малом Знаменском переулке. Для перестройки дома Новиков приглашает московского зодчего и масона В.И. Баженова и предоставляет ему широкое поле деятельности.
Баженову действительно было над чем подумать. Дом был очень старый, не в смысле ветхости, а по древности. Он представлял собой богатые палаты первой половины XVII в. Обследовав дом, архитектор наверняка обнаружил и древние подвалы, на которых возвышались палаты. Сейчас это редкое явление для такого богатого архитектурным разнообразием города, как Москва. К чести Баженова, он не покусился на древность и сохранил для нас, потомков, реалии строительства Москвы XVI и XVII вв. Василий Иванович и здесь проявил свой талант и фантазию в оформлении строения, придав ему классический облик.
Новиков не только продавал книги, он содействовал приобщению к чтению бедных и неимущих москвичей. Для чего он организует в Москве одну из первых «народных» библиотек. Николай Иванович также открыл больницу и аптеку для бедных; он, наконец, спас в голодные годы тысячи горожан и подмосковных крестьян, бесплатно раздавая им зерно и хлеб.
Деятельность Новикова была прервана арестом в апреле 1792 г. Масонскую «Типографскую компанию» закрывают, а самого просветителя как активного члена ордена «вольных каменщиков», участвующего в преднамеренной антигосударственной деятельности, подвергают унизительным допросам и обыскам.
Допрашивали просветителя в здании Тайной канцелярии у Мясницких ворот, там же, где содержался арестованный Емельян Пугачев. Руководил допросами Новикова московский главнокомандующий князь Прозоровский. Ничего от Новикова не добившись, он писал в Петербург находящемуся там в ту пору прокурору С.И. Шешковскому: «Я сердечно желал бы, чтобы вы ко мне приехали, я один с ним не слажу!» С Новиковым «сладила» императрица. Она приказала, чтобы Новиков подписался под отказом от своих убеждений и признал их ложными и вредными. Но Николай Иванович не отрекся от своего мировоззрения.