Власть на Дону ему досталась по наследству. Степан Ефремов был сыном Данилы Ефремова — сильного донского атамана в 1738–1753 годах. Казалось, что Данила Ефремов сделал все, чтобы и сын Степан крепко держал в руках войсковую насеку (инсигнию власти донского атамана, которая представляла собой деревянную трость с серебряными навершием и окончанием). Казаки горой стояли за отца и сына Ефремовых, Петербург одаривал множеством милостивых знаков. Ефремовы получили украшенный бриллиантами портрет императрицы Елизаветы Петровны, а Ефремов-отец был произведен в генералы регулярной армии.
Замыслы Степана Ефремова были циклопическими. В 1765 году он ездил в Петербург с проектом административных и хозяйственных реформ на Дону. Проект предполагал усиление власти атамана, который должен был получить не только власть военную и гражданскую, но и полный контроль над местными финансами. Поперек триумфального пути Степана Ефремова встал донос наказного атамана Сидора Кирсанова и старшины Юдина, которые выдвигали обвинения во взяточничестве и запущенности судебно-административных дел.
Ефремова вызвали для объяснений в Петербург, но атаман проигнорировал столичный приказ. Вместо этого он поехал по донским станицам, а потом вернулся в Черкасск. За Ефремовым послали генерала Гаврилу Черепова. 1 октября 1772 года Черепов выступил на Войсковом круге с правительственными обвинениями против атамана Ефремова и требованием его выдачи. Казаки не поверили в обвинения и чуть было не растерзали генерала Черепова.
Месяц спустя Ефремов все же был арестован драгунским отрядом и увезен в крепость Святого Дмитрия Ростовского. Узнав об этом, казаки ринулись к ней и угрожали коменданту штурмом. Успокоить донцов смог только сам Степан Ефремов, который с крепостного вала просил казаков ничего не предпринимать и вернуться к семьям. Атаман уверял, что скоро и сам получит свободу. Но этого не случилось: Ефремова в кандалах отправили в Петербург, где он предстал перед военным судом. Суд приговорил Степана Ефремова «за все те преступления, оказавшиеся по делу по застарелой в нем гордости, упрямству, противности и ослушанию, сентенциею приговорил его, бывшего атамана Ефремова, к лишению живота, и именно повесить правильно». Императрица Екатерина II помиловала бывшего атамана и назначила ему ссылку в город Пернов (ныне эстонский портовый город Пярну). После нескольких лет ссылки Ефремова вернули в Санкт-Петербург и, возможно, разрешили бы доживать дни на Дону, но, согласно донской песне-сказке о жизни атамана, при снятии кандалов сын Данилы Ефремова произнес такую речь:
Степан Ефремов умер в столице Российской империи 15 марта 1784 года. На Дону его так и не дождалась жена Меланья Карповна. Ее, простую черкасскую торговку, Ефремов полюбил с первого взгляда, и для нее атаману было ничего не жаль. Дон не видел более роскошной свадьбы, сложилась даже поговорка — «наварили, как на Меланьину свадьбу». Но сохранилась и другая, печальная для этой истории любви поговорка: «Вот тебе и тюк на крюк, Меланья Карповна!» Как писал Алексей Карасев, эта фраза была впервые произнесена, когда Степана Ефремова взяли под арест и навсегда увезли из атаманского дома.