Если из писем в начале обучения можно увидеть увлечение точными науками, то в последний год в письмах практически отсутствуют рассуждения на научные темы, а все больше на религиозные и философские. Вот характерное письмо матери 3 марта 1904 г, где сначала он пишет об университетской жизни: «Дорогая мамочка!.. Вся жизнь идет слишком ускоренным темпом и очень интенсивно, так что формальности вроде экзаменов невыносимы. Да вдобавок ко всему за последнее время я приобрел кое-каких новых знакомых и отчасти благодаря их рассказам, отчасти потому что теперь, перед окончанием курса все стали более откровенны, а многие, и более цинично откровенны, мне пришлось видеть многие стороны университетской жизни, которые ранее старался не видеть. Столько сплетен, дрязг и подозрительных действий, что как-то хочется отстраниться от этой жизни…».
Но он видел не только темные стороны, ведь именно в нем у него выкристаллизовалась понимание, что университет: «… дал очень много мне и в смысле научном, и, пожалуй, в нравственном, потому что я там встретил некоторых лиц, с которыми схожусь в некоторых убеждениях, по крайней мере в положительном отношении к Церкви». В университете у него к тому времени сформировалось стойкое убеждение, что необходимо: «Произвести синтез церковности и светской культуры, вполне соединиться с Церковью, но без каких-нибудь компромиссов, честно, воспринять все положительное учение Церкви и научно-философское мировоззрение вместе с искусством и т.д. вот как мне представляется одна из ближайших целей практической деятельности. В необходимости церковности я лично, да и многие, убеждены более, чем в чем-нибудь другом… что же касается до догматов и таинств, то тут разговор чересчур длинный». И объяснил, как и почему у него появились эти убеждения и что на них повлияло: «Я подходил к этому с самого детства. Одно время эта потребность была особенно сильной …потом она приняла очень теоретический характер и ослабла, пока, наконец, занятия математикой и философией не дали права и санкции развиваться таким запросам совершенно свободно. …теперь ценишь то, что имеешь с особой напряженностью. Может показаться иронией судьбы, что всё выходит наоборот против намерений и планов наших, но приходится думать, что в такой иронии сказывается глубокий смысл». И далее в письме упоминает о чрезвычайно важной для его дальнейшей судьбы встрече, именно с неё у него начинается смена направления деятельности, хотя в этот момент он еще это и не осознавал: «Как-то на днях я познакомился с одним замечательным, хотя малоизвестным лицом. Это – лишенный епархии епископ Антоний, личность очень интересная и высокая. На меня же лично он произвел двойное впечатление, потому что манерами, лицом и даже голосом очень похож на тетю Юлю. Вдобавок к этому его фамилия "Флоренсов" и я думаю, тут может быть какое-нибудь родственное сходство». Именно под влиянием епископа Антония Павел Флоренский продолжил свое образование в Духовной академии и в результате стал выдающимся религиозным деятелем. О процессе перехода можно понять из письма матери: «16.IV.1904 Дорогая мамочка! … разные мелкие обстоятельства иногда дают разглядеть за собой нечто более глубокое и серьёзное, чем кажется обычно, и тогда такие мелочи могут производить более интенсивное действие, чем события, считающиеся обыкновенно сильными… Тут такая странная погода /то жарища, то холод/… я, по обыкновению, не простужаюсь и не болею, какова бы ни была погода. Самое большее, что она может сделать со мною – это навести угнетенность, когда должна быть гроза… Скоро начнутся экзамены; мы уже считаемся окончившими университет и, если хотим, то можем теперь делать несколько лет всё, что вздумается, а потом приехать держать экзамены» И после всех бытовых, хотя и интересных подробностей, пишет: «Был недавно в Сергиеве в Духовной Академии.… Ректор Академии … предложил поехать с ним путешествовать по российский монастырям, между прочим, в Соловки. Для меня предложение очень заманчивое…. Ответить ему я должен после экзаменов, в конце мая». В Соловки в тот год Павел Флоренский не попадет, это произойдет ровно через 30 лет и совсем в других обстоятельствах, а пока он готовится к новой жизни и деятельности, очень емко оценивая и характеризуя себя в письме к сестре следующим образом: «21.V.1904 г. Дорогая Люся! …Ту кучу вопросов, которую ты выбросила мне пригоршнями, и которую бросать было так нетрудно, я должен "оставить без последствий", как пишется на официальных бумагах. … Ведь сконцентрированные веками ответы, догматически изложенные. /"Верую etc…"/ тебя не удовлетворят, а объяснять "как" и "почему" – это значит построить на твоих глазах систему своего weltanschaung [мировоззрения]. Итак, мыслимое ли дело это для одного – двух писем, да и я не знаю, смогу ли я достаточно ясно выражаться сейчас. Мне не хватает продуманности и знаний, как не хватает духовности и опыта. Ты ведь знаешь /или нет? /, что вообще я действую и мыслю интуитивно; и многое поэтому, что я предчувствую или даже знаю сам, мне трудно выразить, а тем более доказать, трудно, пока я не проработаю … много над чувствуемым. С будущего года я займусь подготовкой некоторых сочинений – давно задуманной работы – и в них ты найдешь ответы на некоторые из своих вопросов – даже, вероятно, на все. Ты спрашиваешь, теоретик ли я? И да, и нет. Дело в том, что моя "практическая" деятельность, которую я сознательно преследовал до сих пор, слишком мало похожа на то, что вообще обозначают этим именем, а с другой стороны “теоретическая", мои личные занятия, всегда бывало для меня не просто занятиями, а родом молитвы. Поэтому тут термин "практический", "теоретически" как-то мало идут. Но, конечно, некоторых сторон "практики" до сих пор было сравнительно мало, и это отчасти от моей слабости, отчасти от сознания своей неготовности, но в ближайшем будущем я надеюсь устранить такую недостачу. Удастся ли? Как? – Поживем – увидим. Надеяться на "да" мне можно, помимо некоторых внутренних причин, ещё потому, что за последний год или два я встретил ряд людей, о которых мечтал, и которые реализуют грезы. Ведь я большой мечтатель и вечно живу среди облаков, но теперь облака сгустились в живых людей – тем лучше. Знаю, что важным "взрослым" мы кажемся и будем казаться смешными маленькими детьми, на вопросы которых можно только отвечать, "узнаете после", и на которых нельзя даже чересчур сердиться, потому что они слишком наивны; знаю, что для медиков мы – "психозы". Даже дома, несмотря на всю любовь ко мне, на меня /других там не знаю/ смотрят как на "завирающегося" /по выражению детей/ и, желая оправдать в своих глазах, говорят, что "это всё "не серьёзно, а "так", забава и т.д.». Вот такую полную характеристику он дал сам себе.