Возвратившись с победой и добычей на Дон, Степан Разин первым делом казнил московского посла «за шпионаж». Это было прямое объявление войны сильному Московскому государству. Но зачем это надо было казакам? Восстание началось в 1667 году, а за десять лет до этого на Руси были предприняты реформы патриарха Никона, вызвавшие на Руси религиозный раскол. С 1652 по 1658 года были переписаны многие церковные книги с целью приблизить православие к католичеству. После того как казаки выразили свое несогласие с этим, церковный наставник Романовых — Филарет угрожал казакам отлучением от церкви.
Разин не только казнил московского посла, но и запретил строить на Дону церкви и выгнал всех новых, московских попов из казачьих церквей. Так же запретил петь нововведенные духовные стихи. Его поведение совсем неудивительно — в молодости Разин некоторое время жил в Соловецком монастыре, а он долгое время оставался главным оплотом старой веры. Таким образом восстание Разина было направлено за сохранение на Дону веры предков и против московского наступления на казачьи вольности и территории.
Разину удалось захватить Астрахань, Царицын. Но восстание не увенчалось успехом. Казачья армия была разгромлена, а Разина четвертовали в Москве.
Второе казачье восстание произошло во время правления императора Петра Великого. Его возглавил Кондратий Булавин. Это восстание почти наверняка было запланированной акцией казачьей верхушки.
Жестокие реформы Петра привели к тому, что на Дон стало убегать огромное количество крестьян, и стало не хватать рекрутов для царской армии. Поэтому был создан специальный карательный отряд князя Долгорукого. Он пришел на Дон и начал крупнейшую зачистку казачества под предлогом поиска беглых. Было сожжено много станиц, убито много казаков. «Князь со старшинами казаков кнутом били, губы и носы резали и младенцев по деревьям вешали и многие станицы огнем выжгли, также женской полу и девичья брали к себе для блудного помышления на постели и часовни все (видимо, старообрядческие. —
Булавин в свою очередь собрал отряд казаков, ночью напал на карателей и разгромил их. Казачья верхушка вела при этом в двойную игру. С одной стороны, опасаясь ослушаться воли Петра Первого, она разрешила карательному отряду Долгорукова совершить рейд по казачьим землям, получив за это 5 тысяч рублей от Московского правительства. А с другой стороны, направило Булавину тайный приказ разгромить карателей. Выполнив это задание, Булавин прямо заявил, что получал приказы из Черкасска. Предводителям Дона это не понравилось, и они направили против него крупные силы, но Булавина бежал и укрылся у запорожцев. Когда ситуация успокоилась, он вернулся — обосновался на Верхнем Дону и начал там набирать войско для похода на казачью столицу Черкасск. Он убедил многих в том, что донские атаманы ведут двойную игру. И, видимо, был прав, так как ему поверили даже жители Черкасска, в том числе и сын предыдущего донского атамана — Илья Зерщиков. Они открыли ворота города армии Булавина. Донской атаман — Лукьянов и его приближенные были казнены.
Любопытный факт: в 1708 году вскоре после восстания Булавина против Москвы выступили и запорожские казаки — их гетман Мазепа изменил Петру Первому и перешел на сторону шведов. А ведь Булавин перед тем, как начать восстание, скрывался у запорожцев. Это наводит на мысль о том, что донские и запорожские казаки могли действовать заодно. Основным ядром бунтовщиков были староверы, не считавшиеся с новыми реформами церкви.
Но и это восстание было подавлено царскими войсками. При штурме ими казачьей столицы Булавин застрелился, а его жена заколола себя кинжалом. Помощник Булавина атаман Игнат Некрасов бежал с небольшим отрядом сначала на Кавказ, а потом в Турцию. Петр Первый, прибывший в Черкасск, выслушал речь нового атамана Зерщикова, который заявил, что Булавин без его ведома организовал восстание, но не поверил и приказал казнить Зерщикова и его приближенных.
Третьим было восстание Емельяна Пугачева в 1770-х годах во время правления Екатерины II. Оно тоже было не стихийным явлением. Это легко можно понять, если присмотреться к фигуре Пугачева и к самому восстанию. Российское государство усиливалось и расширялось. Земли донского казачества теперь находились не на его границах, а внутри страны. Запорожское казачество было ликвидировано. А донские казаки стали ударной силой завоевания новых территорий для империи. Казаков принудительно переселяли в разные уголки России: на Кавказ, в Сибирь. Они осваивали новые земли. Но казакам такая политика очень не нравилась. Незадолго перед восстанием Пугачева случился бунт в трех казачьих полках — они снялись с Кавказской линии, куда их переселили вместе с семьями и самовольно вернулись на Дон.