После этого в военной разведке началась полоса структурных изменений и преобразований, проходивших на основании приказа наркома обороны Сталина от 16 февраля 1942 года Разведуправление было реорганизовано в Главное разведывательное управление (ГРУ) с соответствующими структурными и штатными изменениями. Однако на этом реорганизация не закончилась, и 22 ноября 1942 года приказом наркома обороны войсковая разведка была выведена из состава ГРУ, а разведотделам фронтов запретили вести агентурную разведку. Одновременно ГРУ перешло из подчинения Генштабу РККА в подчинение наркому обороны, а его задачей стало ведение всей агентурной разведки за рубежом и на оккупированной немцами территории СССР. Тем же приказом в составе Генштаба создается Разведывательное управление (РУ), на которое возлагалось руководство войсковой разведкой. Начальником ГРУ был назначен генерал-майор Ильичев, а начальником РУ Генштаба — генерал-лейтенант Кузнецов.
Рассматривая сейчас эти изменения, можно видеть, что они носили суматошный характер и привели лишь к ухудшению работы разведки. Впрочем, к такому же выводу приходили в то время и сами военные разведчики, участники и жертвы этих преобразований.
О том, к чему привели навязанные военной разведке «новшества», вспоминает Никольский в своей книге «Аквариум-2»:
«Коренная ломка всей системы разведки в самом разгаре войны вызвала всеобщее удивление не только у офицеров этой службы, но и у всех командиров, в той или иной мере соприкасавшихся со штабной службой в звене армия — фронт. Приказ о ликвидации фронтовых агентурных структур был отдан в самый ответственный момент начала нашего общего наступления под Сталинградом, подготовки Ленинградского и Волховского фронтов к прорыву блокады, наступления Северной группы Закавказского, Северо-Кавказского, Юго-Западного и Калининских фронтов. Дезорганизация разведки в этот период весьма отрицательно сказалась на боевой деятельности войск и явилась объективной причиной больших потерь, поскольку штабы фронтов в этот период нужной информации о противнике не получали.
В процессе этого непродуманного решения, навязанного армии в самый ответственный момент войны, разведка потеряла сотни подготовленных агентурных работников низового звена, значительную часть агентуры в тылу противника и на подготовке во фронтовых разведывательных школах, опытных маршрутников и связников, направленных в соответствии с приказом на пополнение войск.
С учетом организационного периода в Разведуправлении с 20 декабря 1942 года командующие фронтами практически остались без оперативной информации о положении в тылу противника. Получаемые в ГРУ сведения от бывшей фронтовой агентуры после их обработки в информационном отделе зачастую пересылались фронтам с таким опозданием, что они теряли свою актуальность. Терялась и оперативность в руководстве агентами и постановке им заданий. Оперативные офицеры в Центре не были в курсе изменений агентурной обстановки, ранее поступавших к ним напрямую».
Весной 1943 года командующие фронтами, вынужденные практически лишиться разведданных о противнике, обратились в Ставку с просьбой пересмотреть приказ от 22 ноября 1942 года (сейчас трудно сказать, кто тогда «подсунул» на подпись Сталину этот злополучный приказ и понимал ли он сам, какой удар наносит им своим разведчикам). На этот раз Сталин внял здравому смыслу. И хотя он не любил менять свои решения, приказом от 18 апреля 1943 года руководство войсковой и агентурной разведкой фронтов он возложил на РУ Генштаба, которому из ГРУ было передано управление, отвечающее за проведение агентурной работы и диверсионной деятельности на оккупированной территории СССР. ГРУ было поручено ведение зарубежной разведки.
Теперь несколько слов о том, как часто и насколько подробно докладывалась Сталину разведывательная информация (это — по поводу заявления Хрущева о том, что Сталин руководил военными операциями по глобусу).