Главной опорой наркома, действительно имевшего образование в объёме фельдшерских курсов, были крупные специалисты, которых он умел привлечь к работе и зажечь своим энтузиазмом. Многих из них он спасал от ареста или вызволял из тюрьмы. Сегодня, например, известно, что именно Орджоникидзе привлёк к проектированию первого советского блюминга ранее осужденных инженеров. В делах абсолютного большинства репрессированных работников тяжёлой промышленности отсутствуют санкции Орджоникидзе — он отказывался их давать. Сталина это раздражало, он неоднократно упрекал Орджоникидзе в либерализме, но внешне — для общественного мнения — делал вид, что в его отношениях с Серго всё в порядке.
Простодушный, наивный Орджоникидзе только посмеивался, когда до его ушей долетали разговоры о том, что аппарат наркомата засорен троцкистами и шпионами. Друзья предупреждали: у Сталина и Молотова складывается убеждение, что беспечный нарком примирился с вредительством на металлургических комбинатах и шахтах, на заводах и фабриках. Орджоникидзе не верил этим слухам до тех пор, пока однажды Сталин на заседании Политбюро чуть ли не напрямую обвинил наркома в попустительстве врагам народа. Вспыливший Орджоникидзе и здесь показал свой крутой нрав: на следующий день учредил особую инспекцию, которой поручил проверить состояние дел на местах. Во главе каждой комиссии стоял опытный чекист из бывших сотрудников Дзержинского.
Ответная реакция была страшной: арест старшего брата Папулии. В тридцатых годах он работал начальником политотдела управления Кавказской железной дороги. В тюрьму его увезли вместе с женой и детьми. Арестовывая Папулию, Берия тонко рассчитал удар. Зная, что Папулия был наставником Серго в юности, убедил генсека припугнуть этим популярного в партии Орджоникидзе. Не подозревая, что старший брат взят по прямому указанию Сталина, Серго напрасно уговаривал генсека допросить Папулию самолично, чтобы убедиться в его невиновности.
— Какой он враг? Папулия принимал меня в партию. Значит, и меня надо заодно арестовать.
Забегая вперёд, скажем, что Папулия из тюрьмы уже не вышел. Тройка приговорила его к смертной казни. По некоторым сведениям, после смерти Серго Папулию пытали в кабинете Берии, там же и застрелили. Перед кончиной старый большевик выхаркнул кровь на роскошный том «К истории большевистских организаций Закавказья» — «шедевра» Берии как литератора и историографа.
Между тем в Москву возвращались комиссии, посланные Орджоникидзе на места для проверки обоснованности арестов, которые прокатились по большинству объектов наркомата тяжёлой промышленности. Одну за одной перечитывал Серго справки, светлел лицом: нигде не обнаружено ни вредительства, ни саботажа. На основании отчётов комиссий было составлено официальное письмо в Политбюро, в котором отвергались обвинения в попустительстве врагам народа, свившим гнёзда на предприятиях отрасли. Берия докладывает Сталину, что, по имеющимся агентурным данным, взбешенный Орджоникидзе хочет воспользоваться трибуной предстоящего пленума, на котором ему поручено выступить с содокладом о вредительстве в промышленности, чтобы дать бой НКВД. С этой целью нарком послал на места экспертов, собирает материал о работе индустрии, о её кадрах. Речь шла о печально известном февральско-мартовском Пленуме 1937 года, основной доклад на котором — о необходимости массовых репрессий — сделал Ежов.
Намерение Орджоникидзе опровергнуть на пленуме обвинения во вредительстве не на шутку испугало Ежова, Берию и самого Сталина. В кремлёвской квартире наркома производится обыск. Это было 16 февраля. Открытие пленума намечалось на 19-е. Оскорблённый и разгневанный Серго всю ночь с 16 на 17 февраля звонил Сталину. Дозвонившись под утро, услышал холодно-спокойный ответ:
— Это такой орган, который и у меня может сделать обыск. Ничего особенного…
Утром 17 февраля Орджоникидзе узнает, что все члены комиссий, направленные им на заводы и стройки наркомата, арестованы. В эту же ночь. Вместе с жёнами. Через несколько дней на Лубянку доставят всех начальников главных управлений Наркомтяжпрома. После кончины Серго такая же участь постигнет начальника его личной охраны Ефимова, личного секретаря Семушкина, всех людей, которые обслуживали Серго, включая сторожа на даче.
Позднее были арестованы младшие братья Орджоникидзе — Константин и Вано. Архив Серго был изъят и передан на «изучение» Берии. Горькой чаши репрессий не миновали почти все его родственники. Видимо, Сталин всё же опасался, что Орджоникидзе заранее написал вариант письма пленуму и отдал его на сохранение кому-то из своих — для публичного оглашения.