Епископы ожидали, пока народная молва не указывала им на отдельного человека или на целую группу людей как на зараженных ересью. Когда виновность подозреваемого была выяснена, редко находили внешние доказательства его вины, ибо сектанты очень старательно исполняли все обряды; с другой стороны, духовенство, мало сведущее в богословии, обыкновенно было не в состоянии добиться признания у людей, привыкших к умственной работе.
Пытка еще не применялась в судебной практике; но дикое применение ордалий, к которым так часто прибегали, показывает, насколько духовенство чувствовало себя бессильным перед лицом новых обязанностей. Даже сам св. Бернар одобрил эту меру, а Реймсский собор 1157 года узаконил применение ее в тех случаях, где подозревалась ересь. Одна бедная женщина, обвиненная в катаризме, была лишена пищи, пока на исповеди она не убедила священника в своей невиновности и не получила совета подвергнуться испытанию раскаленным железом, но она выиграла только то, что подвергла себя дважды действию огня: сначала раскаленного железа, а потом костра. Но мало-помалу, под влиянием римского права, этот судебный прием потерял уважение в глазах церкви. Иннокентий III официально запретил его в 1212 году, после того, как епископ Страсбургский Генрих Веринген применил ордалию, чтобы уличить огромное число еретиков. Латеранский собор 1215 года, следуя примеру Александра III и Луция III, запретил лицам духовного звания участвовать в Божьем суде любого рода. Невежественные прелаты были поставлены в крайнее затруднение: как же тогда узнать правду? Это, на их взгляд, сильно усложнило судопроизводство.
Тем не менее существовала общая система розыска и постоянного следствия для раскрытия преступлений, в том числе и ереси. Так как применение этой системы породило инквизицию, нам следует остановиться на ней. Идея правильного розыска нарушителей закона была свойственна как гражданскому, так и каноническому суду. В империи Карла Великого специальные чиновники объезжали империю, собирая справки обо всех случаях беспорядков, преступлений, несправедливости; они имели право суда над мирянами и духовными лицами. Капетинги во Франции приняли аналогичную систему расследования. Следствия против людей, казавшихся подозрительными населению, породили систему Большого жюри — прототипа папской инквизиции в первоначальном виде.
Инквизиция подражала практике, существовавшей с X века: прибывавший в приход епископ избирал из уважаемых людей нескольких, которые давали клятву открыть без страха и лицеприятия все, что они знали или узнают впоследствии о преступлениях или злодеяниях, требующих следствия. Был составлен длинный вопросный лист, которым руководствовались епископы при выборе этих священных свидетелей. В 1184 году в Вероне папа Луций III по настоянию Фридриха Барбароссы с одобрения епископов издал декреталий (постановление в виде послания), в котором потребовал от всех суверенов присяги в том, что они будут помогать церкви в преследовании ереси, и приказал всем архиепископам и епископам или их представителям посещать раз или два в год все приходы, где было малейшее подозрение на существовании ереси; они должны были от нескольких людей хорошей репутации или даже всех жителей получить клятву, что они выдадут всякого подозреваемого в ереси. Все, отказавшиеся дать такую клятву, должны быть осуждены и наказаны как еретики. Прелат должен вызывать к себе подозреваемых и, если они не могут оправдаться, наказывать их по своему усмотрению. Упорствующие еретики, отказывающиеся отречься и вернуться в лоно церкви, а также снова впавшие в ересь после отречения от нее, должны быть переданы в руки светской власти для наказания. Покровителям ереси было отказано в праве быть адвокатами или свидетелями и занимать какую-либо общественную должность.
В Авиньоне в 1209 году собор под председательством папского легата Гуго принял ряд мер, в сущности подтверждавших декреталий папы Луция III. Кроме того, приходских священников обязали присоединиться к мирянам, священным свидетелям или к местным расследователям ереси. Эта система, утвержденная в 1215 году собором в Монпелье, вызвала многочисленные преследования и костры. В 1215 году Латеранский собор еще раз подтвердил инструкции Луция III. Собор решил, что все епископы, которые будут небрежно исполнять свои обязанности, должны быть смещены с кафедр.
Эта угроза, однако, не оказала желательного действия. Правда, то там то сям появлялись фанатики вроде Фулька Тулузского или Генриха Страсбургского, которые все свои силы клали на подавление ереси, но большинство прелатов не делало ничего для дела инквизиции. Мы и без свидетельства современника Луки Тюи знаем, что большинство епископов относились к искоренению ереси без чрезмерного рвения, а многие обращали ее в источник доходов. Когда их упрекали в бездеятельности, они отвечали: «Как осуждать людей, которые не уличены в преступлении и не признаются в нем?»