В то же время Фридрих II, желавший, насколько возможно, ограничить влияние Рима в своих неаполитанских владениях, возложил там обязанности преследования на чиновников короны. В своих Сицилийских конституциях, изданных в 1231 году, он приказал тщательно разыскивать «еретиков, скрывавшихся во мраке». Подозреваемые должны были быть задержаны и допрошены духовными лицами; кто окажется хоть в чем-нибудь несогласным с католической религией, в случае упорства отправлялся на костер. Всякий, кто осмеливался вступиться за них, подлежал наказанию. Епископам император вменял в обязанность объезжать епархии в сопровождении назначенных для этого судей. В каждой провинции два раза в год происходили заседания главного суда, на которых наравне с другими преступлениями каралась ересь.
Святой престол старался в начале XIII века выработать единую систему подавления ереси. Некоторые историки утверждают, что инквизиция родилась 20 апреля 1233 года, когда были подписаны две буллы Григория, поручавшие доминиканцам преследование ереси. Григорий обращался к епископам: «Видя, что вы поглощены вихрем забот, мы находим полезным облегчить ваше бремя. Поэтому мы решили послать братьев-проповедников к еретикам Франции и соседних провинций и умоляем и убеждаем вас во имя уважения, которое питаете вы к Святому престолу, помогать им вашим благорасположением, и вашими советами, и вашей поддержкой, дабы они могли хорошо выполнить свою задачу». Другая булла обращена «к приорам и братьям ордена проповедников, инквизиторам». После упоминания о сыновьях погибели, защищающих ересь, в ней говорится: «Вот поэтому во всех местах, где вы будете проповедовать, вы уполномочиваетесь, в случае если грешники, несмотря на предупреждение, будут продолжать защищать ересь, навсегда лишать духовных их бенефиций и преследовать их и всех других судом безапелляционно, призывая на помощь светскую власть, если в этом встретится надобность, и прекращая их упорство, если нужно, посредством безапелляционного наложения на них духовных наказаний». Немного спустя после опубликования булл Григорий поручил приору Тулузы указать хорошо подготовленных братьев, чтобы проповедовать в епархии крестовый поход и преследовать судом еретиков сообразно с новыми статутами.
Чтобы определить главные принципы, которыми должна была руководствоваться инквизиция, в 1243 и 1244 годах созвали в Нарбонне большое собрание от трех провинций — Нарбонны, Арля и Э; длинный ряд канонов, принятых по этому случаю, стал уставом инквизиторской деятельности. Эти каноны были адресованы: «Нашим любимым и верным сынам о Господе Иисусе Христе, братьям-проповедникам и инквизиторам». Епископы выражаются осторожно в следующих словах: «Мы пишем вам эти вещи не потому, что хотели бы связать ваше мнение, ибо неприлично ограничивать свободу, предоставленную вашему благоразумию, формулами или правилами иными, чем исходящими от Святого престола; но мы желаем прийти на помощь вам в вашем самопожертвовании, согласно с указаниями, полученными нами от Святого престола, чая, что вы, несущие на себе наши тяготы, должны находить у нас помощь и совет от чистого сердца». Епископы отказывались от права суда и приведения в исполнение решений. Решения теперь провозглашались от имени инквизиторов, хотя, если в них принимал участие епископ или другое важное лицо, что случалось часто, их упоминали как членов суда.
Передача инквизиции древней епископской юрисдикции по делам еретиков осложняла отношения между епископами и инквизиторами. В Италии епископская независимость была уничтожена давно, и епископы не могли серьезно помешать введению новшества. Но во Франции, и в особенности в Лангедоке, хотя прелаты и были более независимы, чем в Италии, распространение ереси требовало активной деятельности и бдительности, превышавших возможности епископов, и они были вынуждены принести в жертву часть своих прерогатив. Впрочем, и здесь они уступили не без борьбы.