В почти безграничных пределах власти инквизиторы действовали бесконтрольно и безответственно; даже папский легат не мог вмешиваться в их дела. Он не имел права наказывать их даже за очевидные преступления. Если же и случалось подобное, то это обязательно должно было быть одобрено папой. В 1245 году инквизиторы получили право прощать собственных в чем-либо провинившихся слуг; с 1261 года они могли взаимно отпускать друг другу грехи, а так как у каждого инквизитора был подчиненный, всегда готовый оказать ему эту услугу, — тоже инквизитор, но стоящий ступенькой ниже в иерархии, — то инквизиторы стали совершенно неуязвимы. Инквизиторы освобождались от всякого повиновения провинциалам и генералам своих орденов; они даже могли не показывать им бумаги, касающиеся деятельности инквизиции; им дано было исключительное право отправляться в Рим, когда им вздумается, и оставаться там сколько угодно, вопреки желанию провинциала или главного капитула своего ордена. Первоначально их полномочия прекращались со смертью папы, от которого они их получили, но с 1267 года эти полномочия были объявлены постоянными.
Вопрос о несменяемости инквизиторов находился в прямой связи с вопросом об их подчиненности; он вызывал много противоречивых постановлений. В 1244 году Иннокентий IV издал указ, согласно которому провинциалы и генералы нищенствующих орденов имели право смещать, увольнять и замешать всех членов орденов, несших инквизиторские обязанности, — даже в тех случаях, когда они получили полномочия от папы. В июле 1257 года папа Александр IV отнял у них это право, а 9 декабря того же года снова признал его. Последующие папы издавали противоречивые указы, пока наконец Бонифаций VIII не высказался за право смещения; но инквизиторы добились того, что это право применялось в результате судебного решения, и на практике оно свелось к нулю. Правда, существовало три рода преступлений, за которые инквизитора могли отлучить от церкви: 1) незаконное преследование или небрежность в преследовании, вызванные личной враждой или дружбой с подозреваемым; 2) вымогательство; 3) конфискация церковного имущества в качестве наказания духовного лица.
И францисканцы, и доминиканцы прилагали усилия, чтобы добиться от инквизиторов — членов своих орденов — лояльности, но эти попытки пресекались Святым престолом. Инквизиторские полномочия давались папой, и их мог отобрать только папа — инквизиторы в опасении потерять свои места были вынуждены с этим считаться. Изредка, впрочем, папы делали в сторону орденов реверансы. В 1439 году Евгений IV, а в 1474 году Сикст IV подтверждали решения Климента IV, согласно которым инквизиторы могли перемешаться с одной должности на другую генералами и провинциалами своих орденов. В 1479 году Сикст IV распорядился, чтобы все жалобы, возбуждаемые инквизиторами друг против друга, направлялись к генералу ордена.
Следствием этого противоречивого законодательства было то, что инквизиторы подчинялись своим генералам как монахи, но не как инквизиторы; в качестве последних они давали отчет только папе. Их викарии и подчиненные были подсудны только им одним; всякая попытка провинциала устранить кого-нибудь из этих подчиненных расценивалась ими как действие, направленное против инквизиции. Беспорядки, вызванные подобным положением вещей, вынудили Иоанна XXIII вмешаться и объявить, чтобы инквизиторы во всем были подчинены старшим в иерархии ордена. Но прошло совсем немного времени, и инквизиторы, назначенные решениями последующих пап, перестали подчиняться старшим членам своего ордена. Дошло до того, что инквизитор мог начать следствие против старшего по чину.
Юрисдикция инквизитора на деле была почти беспредельна. В угоду инквизиции было отменено право убежища в церквях, и даже неприкосновенность нищенствующих орденов была плохой защитой, если у инквизиции возникали претензии к их деятельности. Епископский сан ограждал его обладателей от инквизиторов, если последние не представляли особых папских грамот. Но если действия епископа казались подозрительными, инквизитор был обязан тщательно собрать досье на него и представить на рассмотрение Рима.
Епископы ускользали от суда инквизиции, но не от повиновения инквизиторам. В грамоте о назначении, получаемой инквизиторами от папы, говорилось, что архиепископы, епископы, аббаты и все остальные прелаты должны следовать их приказаниям во всем, что касается задач инквизиции. Несмотря на то что папа, обращаясь к епископу, называл его «уважаемым братом», а обращаясь к инквизитору, называл его «дорогим сыном», инквизиторы считали себя, как прямых уполномоченных Святого престола, выше епископов, и если человека одновременно вызывали епископ и инквизитор, то он должен был сначала явиться к инквизитору.