Папы образовывали время от времени нечто вроде инквизиции легатов, своих прямых полномочных представителей. По мере расширения юрисдикции пап легаты сделались полезными орудиями вмешательства папы в дела епархий — они принимали решающее участие в преследовании еретиков. В сентябре 1209 года собор в Тулузе принял канон, предписывавший всем архиепископам, епископам и независимым аббатам привлекать к борьбе с ересью «священных свидетелей» — такая должность была учреждена в епархиях согласно решению Нарбоннского собора 1227 года. В последующие годы необходимость «священных свидетелей» подтверждали соборы в Арле в 1234 году, в Туре в 1239 году, в Безье в 1246 году и в Альби в 1254 году. В эти же годы были и отдельные случаи, когда учреждались инквизиции легатов. В 1237 году инквизиторы Тулузы действовали с полномочиями легатов. В 1239 году Григорий IX предписал тулузским инквизиторам следовать указаниям его легата, в обход прав епископов.
Общественное мнение господствующих классов Европы требовало, чтобы ересь была во что бы то ни стало уничтожена. Однако, когда кончилось открытое сопротивление, желанная цель оказалась дальше, чем когда-либо прежде. Еретики прикрывались плащом верности католичеству, а когда случайно открывалось их гнездо, судье обыкновенно не хватало подготовки и ловкости, чтобы вырвать у них признание. При отсутствии открытого противостояния было довольно трудно раскрыть тайные мысли сектантов; для этого требовались специально подготовленные люди, единственным делом которых было бы исследование чужих убеждений.
Нищенствующие ордена вполне годились для работы, которая была не под силу епископским судам. Ведь необходимы были постоянные суды исключительно для подавления ереси, совершенно изъятые из-под влияния местных страстей и личных счетов. Следователями и судьями должны были стать люди, специально подготовленные для раскрытия и обращения еретиков. Огромная популярность нищенствующих монахов обеспечивала усердное содействие населения, на какое не могли рассчитывать епископы, обычно находившиеся во враждебных отношениях со своими духовными чадами. Нищенствующие ордена были особенно преданы папству, и они сделали из инквизиции могущественное орудие для увеличения влияния Рима и уничтожения последних остатков независимости местных церквей.
Постепенно совершенствовалось и светское законодательство против ереси. В Англии и в Арагоне уже в XII веке появились соответствующие эдикты. Император Генрих VI в 1194 году предписал отбирать имущество еретиков, накладывать на них суровые наказания, разрушать их дома и подвергать крупным штрафам общины и отдельных лиц, если они не будут содействовать их задержанию; в 1210 году эти предписания были подтверждены Оттоном IV. В 1217 году граф Русельона объявил еретиков вне закона; в 1228 году король Арагонский последовал его примеру. Французский король Людовик VIII предписал за ересь конфискацию имущества и лишение всех прав, а государственные чиновники получили приказание карать всех, кто будет уличен в ереси. Подействовавшим в 1227 году статутам Флоренции епископ во всех случаях преследования ереси должен был действовать совместно с городской администрацией. В Милане в 1228 году были приняты новые законы по настоянию папского легата Готфрида; еретиков надлежало изгнать из пределов республики, дома их разрушить, имущество конфисковать; крупному штрафу подвергался каждый человек, давший им пристанище.