Провинции инквизиторов были настолько обширны, что приходилось разделять работу, в особенности в первое время, когда еретики были многочисленны и требовалась целая армия следователей. Но право назначать полномочных комиссаров было признано за инквизитором законом только в 1262 году Урбаном IV и подтверждено Бонифацием VIII. Эти комиссары стали существенным элементом инквизиции. После реформ Климента в 1317 году они, как и их начальники, не могли быть моложе сорока лет. Комиссары были облечены полной инквизиторской властью, они могли вызывать, арестовывать и допрашивать свидетелей и подозреваемых, могли даже прибегать к пытке и приговаривать к тюрьме. Но, в отличие от инквизиторов, комиссары не имели права назначать вместо себя уполномоченных. Право приговаривать к смертной казни принадлежало только одному инквизитору, хотя на практике это ограничение соблюдалось далеко не всегда.
Позднее появился еще один член суда инквизиции — советник. Его официальное положение было неопределенно. Советник вступал в дело, если обвиненный проявлял упрямство и у суда возникала нужда в советах лица, знакомого с законами и с налагаемой ими ответственностью, чтобы избегнуть ошибок, которые могут повредить инквизиции, вызвать вмешательство папы и даже лишить места самого инквизитора или комиссара. Состав суда дополнялся нотариусом, видным и весьма уважаемым должностным лицом.
Так как глубокая таинственность была существенной чертой деятельности инквизиции, то стало общим правилом, что показания и свидетелей и обвиняемых делались обязательно в присутствии двух беспристрастных людей, не принадлежавших к инквизиции, но приносивших клятву хранить в тайне все, что услышат. Инквизитор мог для этого пригласить любое лицо по своему усмотрению. Преимущественно такими представителями общества были лица духовного звания, обычно доминиканцы, «люди скромные и религиозные», которые вместе с нотариусом подписывали протокол показаний и удостоверяли его соответствие сказанному. Частое подтверждение этого правила папами и то, что оно было внесено в канонические законы, показывают, что ему придавали большое значение как средству придать судопроизводству беспристрастный вид.
Никто из посторонних не имел права присутствовать на суде; исключение делалось в течение нескольких лет только в Авиньоне, где в середине XIII века представители городских властей временно добились для себя и нескольких сеньоров права присутствовать при судоговорении. В других же местах несчастные, защищавшие перед судьями свою жизнь, были всецело в руках инквизитора и его креатур.
Все судопроизводство инквизиции, все вопросы и ответы записывались; всякий свидетель и всякий обвиняемый были обязаны удостоверить правильность своих показаний, когда они прочитывались им в конце допроса, и приговор основывался исключительно на показаниях, добытых таким путем. Поэтому особая нагрузка ложилась на нотариуса; иногда в помощь ему приглашались писцы, но он был обязан лично удостоверять все документы. Текущие дела судилища порождали груду бумаг; их все надо было переписывать для архивов; кроме того, инквизиции в разных местах постоянно обменивались копиями своих дел — все это была гигантская работа. Инквизитор мог и здесь потребовать бесплатной помощи любого подходящего для этого лица; но было опасно доверять ведение таких бумаг людям, не получившим специальной подготовки. Поэтому старались привлекать грамотных нищенствующих монахов — в идеале раньше бывших нотариусами. В городах, где происходили постоянные заседания, у инквизиции был свой штатный нотариус, получавший жалованье как должностное лицо. Климент V предписал, чтобы этот нотариус давал присягу перед епископом и перед инквизитором.
В 1235 году признания стали тщательно записывать в особые специальные книги. Инквизиторам было приказано сохранять все судопроизводство от первого вызова в суд до приговора. Этот указ неоднократно повторялся; кроме того, было предписано, чтобы со всех документов снимались копии и одна из них помещалась в безопасном месте или передавалась епископу. Книга приговоров тулузской инквизиции за 1308–1323 годы кончается перечнем 636 осужденных, расположенных в алфавитном порядке; против каждого имени сделаны ссылка на страницу, где оно упоминается, и краткое указание на наложенное на наказание и все в нем последовавшие изменения. Таким образом, если должностному лицу нужно было собрать сведения о жителях какого-нибудь поселка, то он сразу мог узнать, кто из жителей находился под подозрением и какое решение относительно него было принято. Первый попавшийся пример из этой книги показывает, насколько точны и подробны были первоначальные списки. В 1316 году была приведена на суд одна старуха; благодаря записям определили, что в 1268 году, то есть почти за полвека до этого, она отреклась от ереси и была воссоединена с церковью. Так как это увеличивало ее вину, несчастную приговорили провести остаток дней в оковах.