Право отменять все местные статуты, неблагоприятные инквизиции, а также обязанность всех светских должностных лиц по первому требованию помогать инквизиции поставили ее выше государства. Инквизитор мог потребовать от любого должностного лица дать присягу в послушании и в случае отказа отлучить его от церкви, а то и обвинить в ереси. В 1329 году Генрих де Шамэ, инквизитор Каркассона, обратился к Филиппу Валуа с просьбой подтвердить привилегии инквизиции; король ответил указом, которым объявлял, что все герцоги, графы, бароны, сенешали, прево, уездные и земские судьи, кастеляны, приставы и другие судебные чины обязаны повиноваться инквизиторам и их комиссарам; они должны были арестовывать и содержать в тюрьме всех еретиков и подозреваемых в ереси и равным образом оказывать инквизиторам, их комиссарам и гонцам, в пределах своей судебной власти, помощь и покровительство во всем, что касается задач инквизиции. Когда общественный чиновник медлил оказать содействие, то тотчас же он подвергался наказанию. Так, в 1303 году вице-подестат, то есть заместитель главы городской администрации, Бонрико ди Буска отказался дать людей в помощь представителям миланской инквизиции, и его тотчас приговорили к штрафу в сто имперских су, которые он должен был уплатить в пять дней.
Инквизиция пользовалась услугами всего католического населения и, разумеется, всего духовенства. Всякий, под страхом быть объявленным покровителем ереси, должен был выдавать еретиков. Приходские священники были обязаны по требованию инквизитора посылать своих прихожан на суд, наблюдать за кающимися и ручаться, что наложенные на них епитимии выполнены. Собор 1246 года в Безье дал право инквизитору назначать в каждом приходе специальных людей, которые надзирали за исполнением епитимий и приговоров инквизиции.
Огромное значение в устройстве инквизиции имело совещание, на котором решалась участь обвиняемого. Инквизитор мог вынести приговор только с участием епископа. Климент V объявил не имеющими силы все приговоры, принятые одними инквизиторами, однако ради ускорения процессов папа разрешил епископам давать согласие письменно, и этой лазейкой пользовались беспрестанно. Часто инквизиторы штамповали приговоры без всякого участия епископов. Бывали также случаи давления инквизиторов на епископов, если епископ не соглашался с инквизитором. Поэтому довольно часто епископы просто предпочитали не связываться с инквизиторами.
Так как первое время при назначении инквизиторов более принималась во внимание их ревность к вере, чем их знания, и так как обыкновенно они были невежественны, то вскоре нашли нужным прибавить к ним для выработки приговора людей, изучивших сложные гражданские и церковные законы. Инквизиторам было дано право приглашать сведущих людей, как правило, уважаемых в городе, чтобы с ними вместе рассматривать показания и пользоваться их советами при вынесении приговора. Приглашенные не имели права отказаться от этого приглашения, причем работали они бесплатно, хотя инквизитор и мог, если находил нужным, оплачивать их труд. Присутствие почтенных граждан при обвинении важных еретиков имело целью скорее увеличить торжественность совещания, чем дать помощь судьям. Совещание обычно назначалось на пятницу; заседателями были юристы и нищенствующие монахи, назначенные инквизитором. Они клялись на Евангелии сохранять тайну и судить по совести, следуя внушениям Бога; затем инквизитор читал доклад по каждому делу, опуская иногда имена обвиняемых, и они произносили одно из следующих решений: «Епитимия по усмотрению инквизитора»; «Осужденный должен быть заключен в тюрьму» или «Осужденный должен быть выдан светской власти».
По большей части судопроизводство было формальное, так как инквизитор мог представить всякое дело так, как он сам понимал его; детальное изучение многих дел в короткий срок, пока проходило совещание, было совершенно невозможно. Форму при этом инквизиторы соблюдали строго. Так как невозможно было собирать всех судей для каждого отдельного случая, дела соединялись, и поэтому в приговорах часто встречаются имена осужденных, о которых на самом суде не было и речи.