Инквизитор не стеснялся формой, не позволял, чтобы ему мешали юридические правила и хитросплетения адвокатов; он сокращал судопроизводство, лишая обвиняемого самой обыкновенной возможности сказать слово в свою защиту, он не давал права на апелляции и отсрочки. Инквизиция облекала дело глубокою тайною даже после произнесения приговора. Если не приходилось делать объявления об отсутствующем, то даже вызов на суд человека, только подозреваемого в ереси, делался тайно. О том, что происходило после явки обвиняемого в суд, знали немногие «скромные» люди, избранные судьей и давшие присягу хранить все в тайне; даже сведущие люди, призванные дать свое заключение о судьбе обвиненного, были обязаны сохранять молчание.
Выдержки из протоколов могли сообщаться только в исключительных случаях и с крайней осторожностью.
Обычно ход инквизиционного процесса был следующим. Когда на кого-то падали подозрения в ереси, приступали к негласному расследованию и собирали все возможные свидетельства на сей счет; затем человеку приказывали явиться в суд в такой-то день и час; если казалось, что он хочет сбежать, его могли неожиданно арестовать и держать до суда под арестом. По закону вызов в суд могли повторять до трех раз, но это правило не соблюдалось. Когда преследование было основано на народной молве, в качестве свидетелей вызывали первых попавшихся; количество догадок и пустых слухов, распространенных этими свидетелями, боявшимися навлечь на себя обвинение в сочувствии к ереси, было достаточно для доказательств вины. Таким образом, можно сказать, что обвиняемого осуждали заранее. Единственным средством спастись было признать все собранные против себя обвинения, отречься от ереси и согласиться на епитимию. Если же при наличии порочащих свидетельств человек упорно отрицал свою вину и настаивал на своей верности католичеству, то его именовали закоренелым еретиком и выдавали светской власти; далее его чаще всего ждал костер. Один инквизитор XV века настаивал, что ни в коем случае ни при каких условиях обвиняемого не следует отпускать на свободу; если он раскаивается, то его следует подвергнуть пожизненному тюремному заключению.
Инквизитор старался добиться признания. Признание сопровождалось всегда изъявлением обращения и раскаяния. Инквизиция считала выдачу единомышленников доказательством чистосердечного обращения и выбивала доносы любыми средствами. Отказ кающегося еретика выдать своих друзей и близких принимался как доказательство того, что он не раскаялся, и его немедленно передавали в руки светской власти. Практическая польза этого ужасного требования ясно выразилась в деле Сорины Риго, суд над которой состоялся в Тулузе в 1254 году; ее признание дополнялось перечнем имен 169 человек, выданных ею, с указанием их места жительства.
Наиболее простым способом добиться признания был допрос обвиняемого. Инквизитор подготавливался к нему, сопоставляя и изучая все противоречивые показания, тогда как узник оставался в полном неведении о собранных против него уликах. Уменье вести допрос было главным достоинством инквизитора. Были составлены руководства, в которых содержались длинные ряды вопросов для еретиков различных сект. Развивалось особого рода тонкое искусство, состоявшее в умении расставлять сети обвиняемым, ставить их в тупик и противоречить самим себе. Случалось, однако, что невиновность или хитрость обвиняемого торжествовали над всеми усилиями инквизитора, но в этом случае инквизитор прибегал к обману и пытке. Чтобы вырвать признание у обвиняемого, инквизитор считал уже установленным тот факт, который ему следовало еще доказать, и расспрашивал о разных мелких подробностях. При этом ему рекомендовалось во время допроса перелистывать дело, как будто он ищет в нем какие-то сведения, а потом резко объявить обвиняемому, что он говорит неправду, что все происходило совсем по-другому, взять первую попавшуюся бумагу и сделать вид, что читает в ней «все, что может ввести обвиняемого в обман». Чтобы сделать эту ложь более действенной, тюремщики входили в доверие к заключенным, убеждали их скорее сознаться, всем своим видом обещая снисхождение. Затем, согласно рекомендациям, инквизитор должен был заявить, что у него есть неоспоримые доказательства и если обвиняемый сознается и назовет тех, кто ввел его в заблуждение, то его тотчас освободят. Другая, более хитрая уловка состояла в том, что с заключенным обращались мягко, подсылали к нему в камеру испытанных агентов снискать его доверие и побудить к признанию в обмен на заступничество. При этом в удобный момент являлся лично инквизитор и подтверждал эти обещания. Когда несчастный просил снисхождения за свои разоблачения, его успокаивали, говоря, что для него будет сделано даже гораздо больше, чем он просит.