При такой постановке дела видную роль играли шпионы. Испытанным агентам, проникавшим в камеру заключенного, было приказано вести его от признания к признанию, пока они не получат достаточно материала для его обвинения, но чтобы он этого не заметил. Обычно это поручали обращенным еретикам. Один из них говорил обвиняемому, что его обращение было притворное; после ряда бесед он приходил к нему позднее обычного, и дверь за ним запиралась. Завязывался откровенный разговор, а за дверью скрывались свидетели и нотариус, которые подслушивали все, что говорит жертва. Если это было возможно, пользовались услугами других заключенных, которые получали известное воздаяние за эти услуги. Но применялись также и жестокие меры. Уличенного или только подозреваемого в ереси подвергали пытке, и если видели, что физическое страдание может принудить его сознаться в ереси, то не останавливались ни перед каким мучением, чтобы «спасти его душу».
Чтобы сломить упорство заключенного, который отказывался сознаться или отречься, посылали к нему в камеру жену и детей, слезы и убеждения которых могли склонить его к признанию. Иногда заключенному резко улучшали условия содержания, с ним обращались с видимой добротой в расчете, что его решимость ослабнет, колеблясь между надеждой и отчаянием. Инквизитор последовательно применял все приемы, которые могли дать ему победу над несчастным. Одним из наиболее действенных приемов была медленная пытка бесконечными отсрочками разбора дела. Арестованный, который отказывался признаться или признания которого казались неполными, отсылался в свою камеру, и ему предоставлялось размышлять в уединении и в темноте. После многих недель или месяцев заключенного выслушивали снова; если ответы были опять неудовлетворительны, его снова запирали. Часто бывало, что между первым допросом заключенного и окончательным решением протекало три, пять, десять или даже двадцать лет, а некоторым несчастным приходилось терзаться в безвыходном отчаянии десятки лет. Когда хотели ускорить результаты и добиться признания, ухудшали положение узника и лишали его постели и пищи или же сажали на цепь в сырой яме и т. п.
Пытка противоречила не только принципам христианства и традициям церкви; даже варвары, за исключением вестготов, избегали применять пытки. Однако в 1252 году Иннокентий IV одобрил применение пытки для раскрытия ереси; правда, церковные каноны запрещали лицам духовного звания при пытке присутствовать. Но в 1256 году, когда Александр IV дал инквизиторам и их помощникам право отпускать друг другу грехи за «неправильное поведение», инквизитор и его помощники стали пытать подозреваемых сами. Пытка была скорым и действенным приемом, чтобы добиться желаемых признаний. В документах следствия пытка упоминается как дело совершенно обычное. В октябре 1317 года Иоанн XXII решил ограничить применение пыток и предписал, чтобы они применялись только с согласия епископа, — правда, если через восемь дней после обращения за разрешением применить пытку ответа от епископа не поступало, инквизитор мог действовать по своему усмотрению.
Но инквизиторы недолго мирились даже с такими незначительными ограничениями. Тонкие схоластики разъяснили, что коль скоро папа не упомянул о пытке свидетелей, то сами инквизиторы должны решать, следует пытать свидетелей или нет — ведь они могли скрывать правду. А поскольку обвиняемый обычно сам становился свидетелем по вопросу о виновности своих друзей, то его подвергали пыткам именно в качестве свидетеля, добиваясь все новых и новых разоблачений.
При этом законоведы расходились во мнениях относительно того, при каких условиях оправдывалось применение пытки в отношении обвиняемого. Одни считали, что обвиняемого, пользовавшегося хорошей репутацией, можно подвергать пытке, лишь когда против него свидетельствуют двое, а человек дурной репутации может быть подвергнут пытке на основании показаний только одного человека. Другие утверждали, что показаний одного уважаемого лица уже достаточно, чтобы приступить к пытке, какой бы репутацией ни пользовался обвиняемый. Третьи считали, что для применения пытки достаточно «народной молвы». И все законоведы считали достаточным поводом к пытке, если обвиняемый на допросе проявлял страх, запинался или менял ответы, хотя против него и не существовало никаких свидетельских показаний.