В первую эпоху инквизиции еретиков судили и казнили ежедневно — поодиночке или группами в два-три человека. С течением времени церемония становится более внушительной, и происходит она только по воскресеньям. С высоты всех кафедр священники приглашали народ присутствовать на торжестве и заслужить, таким образом, сорокадневное отпущение грехов. В центре церкви воздвигалось нечто вроде сцены; там помещались кающиеся, окруженные духовными и светскими чиновниками. Инквизитор произносил речь, после которой представители светской власти приносили присягу в повиновении, и торжественно провозглашалось отлучение от церкви всех, кто так или иначе помешает действиям святого трибунала. Затем нотариус прочитывал на народном языке показания, спрашивая после каждого из них у обвиненного, чистосердечно ли оно дано им; впрочем, с этим вопросом обращались только к тем, кто был действительно «кающимся» и не мог произвести скандала, уличив судей во лжи. На утвердительный ответ обвиненного его спрашивали, хочет ли он раскаяться или, упорствуя в ереси, желает погубить и тело и душу? Человек выражал желание принести покаяние, и тогда читалось отречение, которое он повторял слово за словом; после этого инквизитор объявлял, что с него снимается отлучение от церкви, и обещал ему снисхождение, если он будет впредь вести себя согласно с тем решением, которое будет ему объявлено. Кающиеся следовали один за другим, начиная с менее виновных; к концу приберегались те, кого нужно было «освободить», то есть предать в руки светской власти.
Торжественное объявление приговора над приговоренными к смерти происходило на площади, где для этого воздвигался особый помост; вызывалось это заботой, чтобы храм Божий не был осквернен объявлением приговора, влекущего за собой пролитие крови; из того же побуждения эта церемония откладывалась на будни. Но казнь всегда происходила на другой день; сутки отводились на то, чтобы осужденный мог покаяться и душа его не попала из огня временного в огонь вечный. Тщательно заботились о том, чтобы осужденные не могли обратиться к народу, боясь, что заявления их о своей невинности вызовут нежелательные проявления сочувствия.
Большое аутодафе, совершенное в апреле 1310 года Бернаром Ги в Тулузе, тянулось с воскресенья пятого числа по четверг девятое. Сначала смягчили епитимии, наложенные на некоторых достойных прощения кающихся; затем двадцать лиц были присуждены носить кресты и совершить паломничества; шестьдесят пять лиц было приговорено к пожизненному заключению в тюрьму, из них трое в оковах; и, наконец, восемнадцать человек были переданы в руки светской власти и сожжены живыми. На аутодафе в апреле 1312 года пятьдесят одного человека присудили носить кресты и восемьдесят шесть заключили в тюрьму; конфисковали имущество десяти покойников; вырыли и сожгли тридцать шесть трупов; пятерых человек передали светской власти и сожгли живыми и пять человек осудили заочно. Вера, проявлявшая себя подобными жертвоприношениями, понятно, могла возбуждать не любовь, а только один ужас. Иногда случалось, что какой-нибудь упорный еретик нарушал порядок торжества. Так, например, в 1309 году знаменитый ученый катар Амиель де Перль громко исповедовал свое неправоверие, а когда его осудили, он отказался от пищи и питья. Боясь, что жертва умрет раньше сожжения и тем самым ускользнет из рук, сократили процедуру и устроили для него специальное аутодафе. В 1313 году катар Петр Раймунд, отрекшийся за три года до этого от ереси и осужденный на тюремное заключение, сидя в одиночной камере, раскаялся в своей слабости. Он заявил, что желает жить и умереть катаром, и перестал есть и пить. После шести дней поста он видел уже желанный конец; но ревностные служители Бога поторопились осудить его, чтобы не лишать костра добычи.
Инквизиция совершала свое дело с неукротимой энергией. Арно Изарн, пятнадцатилетний юноша, был приговорен в 1309 году в Тулузе, после двухлетнего тюремного заключения, носить кресты и совершить известные паломничества; вся вина его состояла лишь в том, что раз, по приказанию отца, он поклонился еретику. Более года носил он видимые знаки своего позора, но потом, так как они мешали ему искать пропитание, он снял их и получил место перевозчика на Гаронне между Муасаком и Бордо. В своем невежестве он считал себя в безопасности, но полиция инквизиции его разыскала. Его вызвали на суд, но он побоялся явиться, несмотря на убедительные просьбы отца, который обнадеживал его возможностью снисхождения. В 1315 году его отлучили заочно от церкви; на следующий год он был объявлен еретиком и осужден на аутодафе в 1319 году. В 1321 году Бернар Ги распорядился заключить его в тюрьму в Муасаке, но по дороге он бежал, был пойман и приведен в Тулузу. Хотя за все это время он не был уличен ни в чем еретическом, тем не менее его неповиновение инквизиции было признано достойным смертной казни; но ему оказали снисхождение, осудив в 1322 году на пожизненное заключение в тюрьме на хлебе и воде.