Детство свое пришлось Иоанну провести в северном краю, в Холмогорах под неусыпным надзором. Шестнадцати лет его тайно привезли в Шлиссельбург. Даже комендант не должен был знать, кто его узник. Один из тюремщиков обучил его грамоте по Библии.
Воцарившись, Петр III навестил Иоанна, что произвело на молодого императора тяжелое впечатление: юноша был нервен, психически расстроен...
При попытке подпоручика Мировича освободить Иоанна тот был убит, согласно тюремной инструкции.
XVII в. дал раскол; много хлопот доставляли властям, в частности, беспоповцы, называвшие императора антихристом, а чиновников — его слугами.
В Шлиссельбургскую крепость привезли раскольника-проповедника Круглого, закованного в ручные и ножные кандалы. Вот как предписывалось его содержать; «посадить в палату такую, мимо которой бы народного хода никакого не было, и у оной палаты, где посажен будет, как двери, так и окошки все закласть наглухо в самом же скорейшем времени, оставя одно малое оконце, в которое на каждый день к пропитанию его, Круглого, по пропорции подавать хлеб и воду, и приставить к той палате крепкий и осторожный караул, и велеть оным крепко предостерегать, дабы к тому оконцу до него, Круглого, ни под каким видом никто б допускаем не был, и ником же образом оный Круглый утечки учинить не мог. Тако ж и тем определенным на караул при той палате солдатам, которые и пищу подавать будут, с ним, Круглым, никаких разговоров отнюдь не иметь под опасением за преступление тягчайшего истязания».
Практически замурованный колодник с первого дня отказался от подаваемого в оконце хлеба и брал лишь воду, а спустя две недели и ее брать перестал. Еще через две недели разобрали стену «палаты» и увидели, что Круглый умер.
В 1757 г. в крепость был заключен предводитель башкирского восстания Батырша. Восстание возникло на религиозной почве и было подавлено. Батырша бежал, скрывался всю зиму в яме, но его поймали. В крепости он просидел, скованный по рукам и ногам, пять лет. Когда однажды часовой уснул, «оный колодник взял принесенный солдатом Хомуговым топор, поодиночке у капрала Никитина тем топором голову разрубил надвое; у солдата Хомутова головы левую сторону разрубил и правый висок проломил; у Лазарева в двух местах брюхо пропорото; у Епифанова, который был на часах, в двух местах голову разрубил же». Но убежать не удалось.
За попытки ограничить царскую власть в каземат Шлиссельбургской крепости попал князь Дм.Голицын.
В конце XVIII в., в 1792 г. в крепость заключают крупного деятеля и просветителя екатерининской эпохи Николая Новикова. Он издавал несколько журналов, открыл различные школы, выпустил множество разных книг. Первая русская общественная библиотека-читальня возникла тоже при содействии Новикова.
Состоя в масонской ложе, Новиков старался все же издавать определенные книги.
Так, в 1784 г. вышла работа немецкого ученого-богослова Арндта «Об истинном христианстве», запрещенная еще покойной Елизаветой. Императрица издает указ, запрещающий светским типографиям печатать духовную литературу. Усилились гонения на масонов, и Новиков был арестован и заключен на четыре года в камеру, где когда-то находился Иоанн Антонович. Лишь в 1796 г. император Павел позволил ему поселиться в своем имении.
В это же время в Шлиссельбургской крепости сидели:
1) Савва Свирский — за фальшивые монеты;
2) сын пономаря Григорий Зайцев «за ложное и дерзкое разглашение и буйственное поведение»;
3) беглый арестант Протопопов «за отвращение от веры и неповиновение церкви»;
4) бывший унтер-офицер Кузнецов «за фальшивые монеты на 10 лет»;
5) бывший поручик Карнович «за продажу чужих людей, за сочинение печатей и паспортов и дерзкое разглашение».
О Новикове же сказано: «за содержание масонской секты, за печатание касающихся до оной развращенных книг».
Седьмым шел доктор Багрянский — «за перевод развращенных книг».
Поручик Федор Кречетов был из тех неугомонных во все времена людей, которые не могут без общественной деятельности. Он подавал императрице, Синоду, разным вельможам всевозможные проекты переустройства государства, увлекался французскими энциклопедистами, перевел книгу Пуфендора «О должности человека и гражданина». Императрица отнеслась к нему подозрительно, и в Рождество 1794 г. Кречетова привезли в Шлиссельбургскую крепость. Генерал-прокурор Самойлов докладывал Екатерине: «Из его мыслей и произносимых слов видно, что он не хочет, чтоб были монархи, а заботится более о равенстве и вольности для всех вообще, ибо он, между прочим, сказал, что раз дворянам сделали вольность, для чего же не распространить оную и на крестьян, ведь и они такие же человеки».
В заключении Кречетов пробыл шесть лет, освобожден совершенно больным по случаю вступления на престол Александра I.
Также заключили в крепость в 1818 г. полковника Бока — «за намерение его представить лифляндскому дворянству проект введения в России представительного правления». Спустя десять лет он сошел с ума.