В 1721 г. Л. Блументрост представил выработанные по поручению царя «пункты учреждения» Медицинской коллегии, переданные Петром в Сенат и узаконенные последним в августе. Медицинская коллегия просуществовала недолго. Смешение в ней единоличного и коллегиального принципа вызвало нарекания, почему она и была заменена в 1725 г. Медицинской канцелярией под единоличным управлением Л. Блументроста.
По его настоянию вышло в 1721 г. постановление против «бродячих лекарей», требовавшее подвергать врачей до разрешения им практики испытанию.
Медицинская коллегия должна была ведать и аптеками. В Москве уже существовали в XVII в. аптеки, обслуживавшие главным образом придворные круги. В новой столице первая казенная аптека возникла в 1704 г. Эта главная, или (как ее называли) «верхняя», аптека помещалась в Петропавловской крепости, а затем, в виду сырости, вредившей лекарствам, была переведена в новое помещение на Миллионной улице. При открытии ее земские бургомистры Новгородской губернии поднесли царю пять медных кубов с трубами, чем Петр был весьма доволен. Вскоре открылась вторая, «нижняя», аптека на Преображенском острове в каменном трехэтажном доме (где теперь стоит Гостиный двор); третья аптека была открыта на Адмиралтейском острове (между Невой и Мойкой). В 1722 г. последовало разрешение заводить вольные аптеки, что содействовало дальнейшему увеличению их числа и обслуживанию лекарственной помощью более широких кругов населения.
Рост промышленности в петровской России имел результатом развитие начатков прикладных научных знаний. Сведений об этом мы имеем пока еще мало, однако за последнее время обнаружен такой любопытный факт, как основание в Петербурге в 1720 г. при Берг-коллегии первой химической лаборатории, для которой было построено особое кирпичное здание на территории дворца царицы Прасковьи Федоровны против Литейного двора. Развитие металлургии требовало «способствования» рудных ископаемых, испытания сырья, поступавшего на заводы, а также полученных ими продуктов и привозимых из-за границы химикатов. Некоторые сохранившиеся данные говорят об интересе самого Петра к химии. За последнее время найдены записи условных обозначений металлов, химических веществ, посуды и пр., сделанных для Петра с целью облегчить ему изучение «опробовательной хитрости». Сохранилась и его собственноручная запись методики пробы различных металлов. Возможно, что Петр сам производил несложные анализы.
Хотя просвещение петровской эпохи в отличие от предшествующего времени носило ярко выраженный светский характер, новая столица не могла обойтись и без духовной школы. Характерно, что духовный регламент мотивировал необходимость обучения будущего духовенства ссылкой на благоприятные результаты, достигнутые при обучении военному делу, архитектуре, врачеванию.
В целях образования будущего духовенства в 1721 г. в новой столице при Александро-Невском монастыре открыта была Словенская школа, обучавшая главным образом детей служителей, дьячков и подьячих монастыря грамоте, грамматике, в городе, «но в стороне, где нет народного шума, ниже частых оказий, которые обычно мешают учению».
Для новых гражданских учреждений — Сената, коллегий — требовались знающие люди. Возник проект организации Академии политики для подготовки образованных чиновников. Однако он не получил осуществления. Часть воспитанников военных школ переходила на гражданскую службу, но таких людей было немного. Приходилось привлекать лиц из старых приказов и широко использовать учеников духовных школ. Нельзя не признать, что эти школы оказали значительную услугу новым гражданским и просветительным учреждениям: они дали людей и тем, и другим. Петербург вбирал в себя все лучшее, что могли ему предоставить духовные школы Москвы, Киева и других городов, и использовал их воспитанников с помощью нового светского обучения для нужд строящегося по новому государства и для нужд самого города. Провинциальная школьная молодежь очень часто успевала получить достаточное отвращение к мертвой схоластической науке, чтобы с интересом отнестись к более жизненному новому преподаванию. Когда осуществилось открытие задуманной Петром академической гимназии, главные пополнения ее шли в течение долгого времени за счет духовных школ.