В основном же ряды строителей города пополнялись путем мобилизации рабочей силы. Уже в 1704 г. указ от 1 марта обязывал провинциальную администрацию выслать в Петербург из 85 мест страны 40 тысяч рабочих. На 1705 год был дан наряд на отправку рабочей силы «с 35 городов, с посадов, дворцовых волостей, поместьев, вотчин всяких чинов людей, с крестьянских и бобыльских дворов, взять работных людей с девяти дворов человека». И с тех пор мобилизация рабочих рук на строительство Петербурга не прекращалась много лет.
Осенью 1703 г. можно было уже приступить к установке орудий на земляных бастионах крепости. Жерла 300 пушек преградили вход шведскому флоту в пределы отвоеванной территории. По 52 пушки было установлено на Нарышкинском и Трубецком бастионах, 58 пушек — на Царском бастионе, который держал под прицелом вход в Неву со стороны ее рукава — Большой Невки. В крепости были созданы большие запасы пороха, ядер, продовольствия.
Бастион — выступ крепостной стены, вначале полукруглый или прямоугольный, позднее — обычно пятиугольной формы в плане.
С осени 1703 г. строительными работами, по общим указаниям Петра, руководил вызванный им в Россию итальянский архитектор Доменико Трезини. Уже 4 апреля 1704 г. на «Государевом раскате» (Царском бастионе) впервые был зажжен маячный фонарь, что символизировало собой завершение первоочередных фортификационных работ.
Трезини Доменико (1670-е гг.-1734) — архитектор, уроженец Швейцарии. С 1703 г. до конца жизни работал в Петербурге, выполнил «образцовые» (типовые) проекты жилых домов и выстроил много зданий. Наиболее значительны: собор с колокольней в Петропавловской крепости, здание 12 коллегий (ныне университет), Летний дворец царя Петра и др. Творчество Трезини характеризуется чертами русского барокко начала
XVIII в.Для снабжения защитников крепости водой на случай осады во всю длину Заячьего острова был прорыт канал пятиметровой ширины (он был засыпан лишь в 1882 г.). По нему подвозились и строительные материалы: вдоль канала строились дома для коменданта и других начальствующих лиц крепости, цейхгауз (арсенал) для склада оружия и боеприпасов, гарнизонная канцелярия, «провиантские магазейны» (продовольственные склады).
Изданная в XVIII в. книга А. И. Богданова — первого русского историка Петербурга — дает некоторые сведения о том, какие здания существовали внутри Петропавловской крепости.
В центре крепости, на северном берегу канала стояла церковь «деревянная, видом крестообразная, о трех шпицах, на которых шпицах по воскресным дням и праздничным подымалися вымпелы, расписана была под каменный вид желтым мрамором». Неподалеку от церкви стояли светлицы «нарочитой архитектуры», в которых размещался Сенат, впоследствии переехавший в мазанковое здание на Троицкой площади. В пределах крепости размещалась и главная аптека — лучшая во всей стране по ассортименту медикаментов. Аптека имела свои плантации для выращивания лекарственных растений — Аптекарский огород, который находился на тогдашней окраине города. От этого «огорода» ведет свою историю нынешний Ботанический сад в Петербурге. Эта аптека широко славилась замечательным собранием сосудов из тончайшего китайского фарфора.
На южном берегу прорезающего Заячий остров канала, у площади напротив церкви стояло здание гауптвахты. В 1743 г. гауптвахта была построена в камне (здание было одноэтажным), но современный свой облик она приобрела в 1907 — 1908 годах. Площадь перед гауптвахтой в первые годы существования крепости служила местом наказаний в чем-либо провинившихся солдат. На этой площади (она именовалась Плясовой) «поставлена была деревянная лошадь с острою спиной, на которую сажали за штраф солдат на несколько часов сидеть, и притом еще столб вкопан был деревянный, а около его поставлены были спицы острые, а вверху того столба была цепь, и когда кого станут штрафовать, то во оную цепь руки его замкнут и на тех спицах оный штрафованный должен несколько времени стоять».
Вблизи гауптвахты находился деревянный оберкомендантский дом. В 1747 г. здание было возведено в камне и в таком виде сохранилось до наших дней. В этом доме проходили судебные заседания по делам декабристов, группы Петрашевского, а также Д. Каракозова и А. Соловьева (впоследствии казненных за покушения на Александра II) и других. Верхний этаж здания служил квартирой коменданта крепости, должность которого считалась почетной и несменяемой. Комендантов крепости с 1720 по 1914 г. хоронили на крохотном кладбище у восточной стены собора.