Начиная с 1736 г. с Нарышкинского бастиона ежедневно гремел пушечный выстрел, возвещавший населению города о наступлении полудня. Это было принято по предложению, внесенному в Академию наук академиком Делилем. Проектом предлагалось ровно в полдень по сигналу из обсерватории (она находилась напротив Адмиралтейства, в здании Академии наук, где размещалась также Кунсткамера) стрелять из пушки со стен Адмиралтейства, «чтобы дать каждому санктпетербургскому обывателю способ, как исправно заводить по солнцу стенные и карманные часы». В проект Делиля было внесено небольшое изменение — пушка стреляла не со стен Адмиралтейства, а с крепостного бастиона. Команда для выстрела сначала подавалась по часам колокольни Петропавловского собора, а с 1860-х гг. пушка стреляла по сигналу, передаваемому по кабелю непосредственно из Пулковской обсерватории. В конце 1938 г. передача сигналов точного времени по радио заменила этот обычай. Возобновилась пальба в 1957 г. Кроме того, стрельбой из пушки население извещалось о чрезвычайных происшествиях (наводнение, пожар и т. п.).
С годами стены крепости, ее внешний вид уже не гармонировали с прекрасными зданиями, построенными на берегах Невы во второй половине XVIII в. Решено было крепостные стены, обращенные к Неве на протяжении 700 метров, облицевать гранитом, и эта работа, придавшая крепости ее современный облик, была завершена в 1787 г.
Одетые камнем бастионы в 1790 г. были украшены круглыми будками для часовых, висящими на каменных консолях. Эти гранитные «фонарики» имитировали старинные угловые башни, которые позволяли защитникам осажденных крепостей вести огонь по врагу, пользуясь значительным сектором обстрела.
В 1797 г. за стенами Алексеевского равелина на месте ветхого деревянного тюремного здания построили новый каменный, треугольный в плане, одноэтажный «секретный» дом Алексеевского равелина, содержащий 21 камеру, кухню, квартиру смотрителя и баню. С этого времени крепость более чем на столетие превращается в тюрьму.
С конца XVIII в. вплоть до 1917 г. строительство крепости шло непрерывно, но работы не носили большого размаха и сводились главным образом к ремонту, который велся от случая к случаю, и застройке внутренней территории разными второстепенными домами. Военное значение крепости в начале XIX в. резко упало в связи с тем, что Финляндия по декларации 1808 г. была объявлена русской провинцией и граница передвинулась далеко на север и северо-запад.
* * *
Строительство Петропавловского собора началось летом 1712 г. по проекту и под руководством Доменико Трезини. В это время Петербург становился столицей русского государства, и в центре крепости уже нельзя было сохранять старое, обветшавшее здание деревянной церкви. Стены собора возводились вокруг старой церкви. Она оказалась как бы под каменным колпаком и была разобрана лишь в 1719 г., когда приступили к сооружению сводов и потолка собора.
В соответствии с указанием Петра, собор строился наподобие так называемой Меншиковой башни, сооруженной в Москве в 1705—1707 гг.
Колокольня и основной корпус собора возводились не одновременно. Прежде всего была построена колокольня. Такая очередность была продиктована не стремлением Петра к скорейшему декоративному убранству столицы, а совершенно правильным техническим расчетом — надо было выждать естественного оседания колоссальной массы колокольни и лишь потом соединять с ней стены собора, иначе в местах соединения стен собора с колокольней неминуемо появились бы трещины. Поэтому Петр в 1715 г. отдал распоряжение: «На колокольне, которая в городе, как возможно скорее отделать... а церковь делать исподволь».
Колокольню в основном закончили уже в апреле 1720 г. Каркас шпиля был еще обнажен (золочение медных листов для него велось в самой крепости с 1719 г.), но в августе 1720 г. Петр со своими сподвижниками уже любовался с высоты панорамой быстро растущего города.
Строительство собора затянулось, долгое время шли работы по его внутреннему убранству. Датой окончания строительных работ по сооружению собора принято считать 29 июня 1733 г.
Шпиль колокольни Петропавловского собора, высоко и гордо поднятый над Невой, призван был символизировать выход России к просторам Балтийского моря. Вместе с тем он играл важную роль в украшении и обогащении силуэта города.