Коменданты Петропавловской крепости:
Р. В. Брюс (комендант в 1704—1720), М. О. Чемезов (1720—1723), Я. Х. Бахмиотов (1723—1725), Г. Д. Есипов (1732—1734), С. Л. Игнатьев (1734—1747), Ф. В. Мещерский (1748—1756), П. А. Сафонов (1801—1814), А. Я. Сукин (1814—1837), М. К. Крыжановский (1837—1839), И. Н. Скобелев (1839—1849), И. А. Набоков (1849—1852), А. Ф. Сорокин (1861—1869), Н. Д. Корсаков (1869—1876), Е. И. Майдель (1876—1881), В. Н. Веревкин (1887—1896), А. В. Эллис (1896—1907), К. В. Кошаров (1908—1912), В. Н. Данилов (1913—1914).
Для защиты крепости с севера на правом берегу проходящего здесь пролива в 1706—1707 гг. было начато строительство укреплений — кронверка. В 50-х годах XIX в., когда во время Крымской войны английский флот грозил Петербургу, на территории кронверка для дополнительного усиления крепости и размещения боеприпасов было построено подковообразное здание арсенала.
Территорию, примыкавшую к кронверку, по требованиям военной науки нельзя было застраивать, чтобы неприятель не мог под прикрытием зданий приблизиться к стенам крепости. Так возник громадный пустырь, который не застраивался и позже, в соответствии с изданными в 1747 г. «Правилами построения деревянных домов в расстоянии 300 сажен от Петропавловской крепости». На месте этого пустыря был создан парк, открытый 30 августа 1845 г., в день празднования памяти Александра Невского, и названный в его честь Александровским.
Помимо земляных валов кронверка с установленными здесь 78 орудиями, Петропавловская крепость в начале своего существования имела еще одно прикрытие — артиллерийскую батарею, стоявшую на стрелке Васильевского острова. Обеспечению безопасности крепости и города со стороны моря (оно еще оставалось во власти шведского флота) служили также пушки на валах, окружавших Адмиралтейство, и еще одна далеко выдвинутая «фортеция».
Еще в октябре 1703 г., промерив фарватер Невы, Петр на шлюпке вышел в залив и, оценив стратегическое положение острова Котлин, решил неподалеку от него соорудить крепость, которая заперла бы шведскому флоту подход к новому городу по Финскому заливу. В феврале 1704 г. модель этого укрепления была передана Петром Меншикову для исполнения. Модель изображала пятигранную деревянную башню с конусообразным верхом и несколькими рядами амбразур для пушек. Меншикову было приказано на льду, на краю отмели у южного побережья острова Котлин, рубить из бревен ряжи, нагружая их камнями, чтобы ряжи эти, проломив лед, силой своей тяжести опустились на дно и служили основанием возвышающейся над водой башни.
К делу приступили немедля, и весной того же 1704 г. строительство нового узла обороны города было закончено. Крепость Кроншлот, как назвали эту башню, имела на вооружении 14 пушек. В нередких боевых схватках, срывавших шведские планы вторжения в город с моря, она поддерживалась огнем батареи из 60 пушек, установленной на острове Котлин (позже на нем началось сооружение крепости Кронштадт). Комендант крепости Кроншлот получил предписание Петра: «Содержать сию ситадель с божьею помощью, аще случится, хотя до последнего человека... При приближении к крепости нейтральных кораблей давать предупредительный выстрел, чтобы опустили паруса и бросили якорь; в случае неповиновения открывать огонь».
После возведения дополнительных укреплений, усиления флота за счет кораблей, построенных на Адмиралтейской верфи, и выхода русских войск в районе Нарвы на южное побережье Финского залива возникла возможность дальнейшего усиления Петропавловской крепости. В мае 1706 г. развернулись работы по замене земляных стен крепости мощными каменными сооружениями. Это строительство продолжалось около 35 лет. Над Невой на высоту почти 12 метров вознеслись новые, сложенные из кирпича, крепостные стены.