Помпонацци продолжал преподавать в Падуе с 1495 по 1509 год; затем по городу пронеслись ветры войны и закрыли исторические залы университета. В 1512 году он переходит в Болонский университет. Там он оставался до конца своих дней, трижды женившись, постоянно читая лекции по Аристотелю и скромно уподобляя свое отношение к хозяину насекомому, изучающему слона.44 Он считал более безопасным предлагать свои идеи не как свои собственные, а как подразумеваемые или явные в Аристотеле, интерпретированные Александром Афродисийским. Временами его процедура кажется слишком скромной, явно подчиненной мертвому авторитету; но поскольку Церковь, вслед за Аквинским, утверждала, что ее доктрина — это доктрина Аристотеля, Помпонацци, возможно, чувствовал, что любая демонстрация ереси как истинно аристотелевской будет одним из способов, короче кола, подразнить ортодоксальный хвост. Пятый Латеранский собор под председательством Льва X (1513) осудил всех, кто утверждал, что душа едина и неделима у всех людей и что индивидуальная душа смертна. Три года спустя Помпонацци опубликовал свой главный труд «De immortalitate animae», в котором попытался показать, что осуждаемый взгляд в точности соответствует взглядам Аристотеля. Разум, говорил Аристотель Пьетро, на каждом шагу зависит от материи; самое абстрактное знание в конечном счете вытекает из ощущений; только через тело разум может воздействовать на мир; следовательно, развоплощенная душа, пережившая смертную раму, была бы бесфункциональным и беспомощным омутом. Как христиане и верные сыны Церкви, заключил Помпонацци, мы имеем право верить в бессмертие индивидуальной души; как философы — нет. Похоже, Помпонацци никогда не приходило в голову, что его аргументы не имеют силы против католицизма, который учит воскрешению тела, а также души. Возможно, он не воспринимал эту доктрину всерьез и не думал, что его читатели воспримут ее всерьез. Никто, насколько нам известно, не настаивал на этом против него.
Книга вызвала бурю. Францисканские монахи убедили дожа Венеции приказать публично сжечь все имеющиеся экземпляры, что и было сделано. Папскому двору были поданы протесты, но Бембо и Биббиена в то время занимали высокие посты в советах Льва и советовали ему, что выводы книги совершенно ортодоксальны; так оно и было. Лев не был одурачен; он прекрасно знал эту маленькую хитрость двух истин; но он довольствовался тем, что приказал Помпонацци написать приличное слово покорности.45 Пьетро подчинился, написав «Apologiae libri tres» (1518), в которой вновь утверждал, что как христианин он принимает все учение Церкви. Примерно в то же время Лев поручил Агостино Нифо составить ответ на книгу Помпонацци; поскольку Агостино любил споры, он выполнил это поручение с удовольствием и мастерством. Примечательно и, возможно, иллюстрирует сохраняющуюся антипатию между университетами и духовенством то, что, пока голова Помпонацци висела, так сказать, на инквизиторском балансе, три университета боролись за его услуги. Услышав, что Пиза стремится переманить его в свои залы, магистраты Болоньи, формально подчиняющиеся папе, но глухие к ярости францисканцев, подтвердили профессорское звание Помпонацци еще на восемь лет и повысили его годовое жалованье до 1600 дукатов (20 000 долларов?).46