В 1962 году митрополитом Нестором (Анисимовым) награждён палицей, на праздник Покрова Божией Матери возведён в сан архимандрита.
После смерти митрополита Нестора (Анисимова) в 1962 году два года о. Мисаил был за штатом в Кировограде.
С 1964 года о. Мисаил переехал в Оренбург, жил на улице Куйбышева, 18 а, был за штатом и пенсионером Московской Патриархии.
24 марта 1970 года Его Святейшество, Патриарх Алексий II (Ридигер, 1929–2008 годы) наградил о. Мисаила юбилейным крестом с украшениями.
О. Мисаил в это время жил в Оренбурге, по улице Красноармейская, 12. Он, по благословению владыки Леонтия (Бондаря, 1913–1999 годы), тайно постригал в монахи и в монахини, особенно матушек, бывших послушниц Успенского женского монастыря.
Мечта о том, чтобы попасть на Афон, не оставляла о. Мисаила.
Когда он гостил на даче у Патриарха Алексия I (Симанского) в Переделкине, Патриарх подал ему надежду:
— Ты знаешь, сейчас ожидается разрешение греческих властей на проезд монахов из России на Афон. Молиться надо, чтобы Господь дал, чтобы афонский русский монастырь к России вернулся.
Поясним, что к тому времени в Русском Свято-Пантелеимоновом монастыре на Афоне оставалось только восемь столетних старичков.
С 4 января по 13 мая 1971 года о. Мисаил — настоятель Георгиевской церкви села Ярышева Гаврило-Посадского района в Ивановской епархии.
В 1971 году о. Мисаил получил приглашение от грузинского Католикоса-Патриарха Ефрема (Сидамонидзе, 1896–1972 годы жизни) переехать на жительство в Грузию.
О. Мисаил продал дом на ул. Красноармейской в Оренбурге, уже присмотрел дом в грузинском городе Лагодехи, дал задаток. Проездом из Грузии в Оренбург зашёл в патриарший собор в Москве, начиналась всенощная. Службу вел Местоблюститель патриаршего престола митрополит Пимен (Извеков, 1910–1990 годы жизни).
При встрече он сделал о. Мисаилу неожиданное предложение:
— Мисаилушка! Куда ты пропал, куда делся! Мы ищем тебя отправить на Афон, а найти не можем.
— Ваше Святейшество, а я уже в Грузию собрался, дом продал!
— В какую Грузию, никакой Грузии, поедешь на Афон!
— Я с радостью, мне старец Пётр предрек, что я буду на Афоне! Матушка Зосимия предсказывала, что я на Афоне буду.
— Завтра в Патриархию приезжай за оформлением документов.
О. Мисаил оформил и потом целых пять лет ждал визы. Приехал в Оренбург, купил дом на Сызранской, 37а.
С 1971 по 1975 год — опять за штатом в любимом Оренбурге.
Назначили на Афон от Московской Патриархии 29 человек, но комиссию окончательно прошли только девять.