По благословению Патриарха Пимена схиархимандрит Серафим участвовал ещё два года в качестве благочинного, духовника в восстановлении Киево-Печерской лавры. В Киеве после чернобыльской катастрофы о. Серафим получил облучение ещё большее, чем при рентгенотерапии. Лечился в Москве, Оренбурге.
В 1990 х годах о. Серафим активно участвовал в восстановлении полутора десятков храмов и приходской жизни в городах — Оренбурге, Орске, Кувандыке; в поселках — Саракташе, Пономаревке, Матвеевке, Кармалке.
За многолетнее подвижническое служение Церкви «во внимание к усердному несению Вами возложенного на Вас послушания» в 2000 году о. Серафим был награжден Его Святейшеством Патриархом Московским и всея Руси Алексием II (Ридигером) Патриаршим Крестом — высшей наградой Русской Православной Церкви.
Последнее послушание старца — Оренбургский Афон.
В 1996 году Оренбургскую епархию посетил Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. Патриарх освящал храм в селе Чёрный Отрог. Вместе с митрополитом Леонтием (Бондарем) Патриарху сослужил и о. Серафим. Святейший был знаком с батюшкой много лет и, узнав, что в Оренбургской епархии нет монастырей, но есть небольшая иноческая община, благословил основать монастырь.
Братия тогда жила в доме о. Серафима на Сызранской улице в Оренбурге. В одной из комнат была домовая церковь во имя великомученика и целителя Пантелеимона — покровителя русского монастыря на Афоне. В годы гонений дом о. Серафима служил прибежищем для многих молодых людей, желающих жития монашеского. Многих батюшка постригал по благословению правящего архиерея.
После встречи со Святейшим схиархимандрит Серафим начал подыскивать удобное место для будущего монастыря. По его мысли, это должен был быть какой-нибудь храм в сельской местности, вдали от городов. Таковой вскоре и нашелся в Саракташском районе, в селе Андреевка. Это место как будто было предназначено Богом для основания монастыря.
В 1901 году губернский секретарь Михаил Чистозвонов построил дивный храм, отличавшийся особым изяществом, как написали в «Епархиальных ведомостях» того времени. Кроме храма, была построена церковно-приходская школа и дом для семьи священника. Все постройки чудом не были разрушены в безбожные годы. В храме было колхозное зернохранилище, бывали и пожары, но в целом, после ремонта крыши и внутренней отделки, церковь была готова к богослужению.