В декабре 1744 г. в Хотилове, на полпути между Москвой и Петербургом, заболел оспой царевич Пётр Фёдорович. К нему срочно прибыла императрица Елизавета Петровна, которой сопутствовали Лесток и Санхец. С больным уже находился лейб-медик Бургав. Болезнь, благополучно закончившаяся, «к утешению неизречённой радости всей империи», как писали тогда в газетах, весьма невыгодно изменила внешность будущего императора, оставив на лице его оспины.
Среди историков медицины существовало да и сейчас ещё существует мнение о том, что Лесток был-де «плохой медик», что он «слабо разбирался в медицине». Неожиданное опровержение подобной точки зрения содержится в работе известного специалиста по библиотековедению П.И. Хотеева «Книга в России в середине XVIII века. Частные книжные собрания» (Л., 1989). Из них — 115 книг по медицине. Больше всего было руководств по хирургии, а также фармакологические справочники, травники, описания чахотки, цинги, чумы, лихорадок, пособия по кровопусканию, по уходу за детьми, по лечению венерических болезней и огнестрельных ран. По мнению П.И. Хотеева, медицинский раздел библиотеки характеризует её владельца как врача, уделявшего внимание лишь практике и мало интересующегося теоретическими проблемами медицины. Он пишет: «На 9/10 медицинский раздел его библиотеки состоял из работ авторов XVII века и более ранних времён. Вероятнее всего, библиотека перешла Лестоку в наследство от отца, который был хирургом. Ясно, что серьёзная исследовательская работа вовсе не интересовала Лестока. Более того, она была ему просто-напросто не по силам: ему недоставало теоретической подготовки, университетского образования. И тем не менее, — утверждает П.И. Хотеев, — нельзя, на наш взгляд, согласиться с мнением известного историка медицины Я. Чистовича, который вообще ставит под сомнение компетентность Лестока во врачебном деле. Данные о библиотеке Лестока никак не позволяют считать его посредственным врачом: человек, имевший сто с лишним книг по своей специальности, не мог быть дилетантом или шарлатаном. Значительная по объёму подборка медицинской литературы вполне отражала уровень профессиональной подготовки Лестока и соответствовала интересам и нуждам хирурга».
Назначенный начальником Медицинской канцелярии, Лесток намеревался пристально заняться вверенной ему медицинской частью России, не вмешиваясь по возможности ни в серьёзную политику, ни тем более в придворные интриги. Однако обстоятельства складывались таким образом, что Лесток стал одним из самых приближённых к императрице лиц, обладавшим большим влиянием на государственные дела. Дело в том, что Лесток почти безвыходно жил во дворце, всюду сопровождал императрицу, пользовался правом беззапретного входа во всякое время в её опочивальню, где по случаю частых колик, которыми страдала императрица, оставался иногда целые недели.
Это обстоятельство не могло не вызывать зависти у других придворных. Вице-канцлер Бестужев, основной недруг Лестока, жаловался, например, саксонскому резиденту Пецольду: «Когда государыня чувствует себя не совсем здоровой, то он как медик имеет возможность говорить с нею по целым часам, тогда как министры иной раз в течение недели тщетно добиваются случая быть с ней хоть четверть часа».
Некоторую роль в охлаждении Елизаветы Петровны к Лестоку мог сыграть и доктор Герман Каау-Бургав, племянник знаменитого Германа Бургава. Приехав в Россию по рекомендации лейб-медика Рибейро Санхеца в 1740 г., он постепенно оттеснил Лестока, занятого административными делами, от врачевания императрицы.
Нельзя сказать, что Лесток не понимал опасности своего положения, не предчувствовал грозившей ему беды. Опасаясь интриг и козней завистников, он считал, что гораздо удобнее убраться из России подобру-поздорову. Он писал императрице: «Боюсь, государыня, что моё возвышение наживёт мне врагов, которые, очернив меня в глазах Вашего Величества, устроят, может быть, мою ссылку». Как в воду глядел!
Императрица, к несчастью для Лестока, не отпустила его от себя, чем не преминули воспользоваться его враги. Оклеветав Лестока, они добились разрешения на его арест, и 17 ноября 1748 г. Лесток был заключён в Петропавловскую крепость, будучи лишённым всех чинов, званий и должностей, а также и всего имущества. Через несколько дней была арестована и тоже посажена в крепость его третья жена, фрейлина двора Мария Аврора Менгден.