С сентября 1914 г. проф. Федоров начинает сопровождать царя в поездках по фронтам. А после того как Николай II летом 1915 г. принял на себя обязанности Верховного главнокомандующего, Федоров уже неотлучно находился вместе с ним при Ставке в Могилеве. Впервые Николай II упоминает С. П. Федорова в дневнике военного времени 18 ноября 1914 г., перечисляя тех, кто сопровождал его в поездке на фронт: «Со мною едут: Бенкендорф, Нилов, Воейков, Орлов, Дрентельн, Дм. Шереметьев, Саблин и Федоров».[802]
По свидетельству дочери Е. С. Боткина, «отец только два раза ездил с Его Величеством в Ставку, т. к. Государь брал с собой лейб-хирурга профессора Федорова, сказав моему отцу, что он его желает видеть при Ее Величестве и детях».[803] После того как в Ставку прибывает наследник, на Федорова ложится ответственность за состояние и его здоровья. Так, в письме цесаревича к матери от 4 ноября 1916 г. упоминается, что «побаливает мышца на ноге. С. П. (Федоров. –Отношение к С. П. Федорову в Ставке было различным. Те, кто сталкивался с ним каждый день и близко его знал, относились к нему спокойно. Они единодушно оценивали С. П. Федорова как «очень умного человека», который стоит так же близко к царской семье, как и Е. С. Боткин. Начальник Канцелярии министра Императорского двора генерал А. А. Мосолов писал: «Федоров очень умный человек, был взят ко двору, главным образом ради здоровья цесаревича. Он последовал за государем в ставку и пользовался в глазах Его Величества безусловным весом. На основании его диагноза император, вначале отрекшийся в пользу сына, переменил свое решение в пользу брата Михаила Александровича: Федоров уверил государя, что Алексей Николаевич останется инвалидом на всю жизнь».[806]
Протопресвитер о. Георгий Шавельский называл его «самым умным и образованным»[807] среди окружения императора, но добавлял, что, к сожалению, его позиция по отношению к событиям, происходившим в стране и в Ставке, определялась девизом «Моя хата с краю». К разговору об окружении императора он возвращался несколько раз, подчеркивая, что «если исключить профессора Федорова», то «не блистало оно ни талантами, ни дарованиями, ни даже сколько-нибудь выдающимися людьми».[808]Те же, кто видел его только издали и наблюдал лишь внешнюю сторону событий, отзывались по-другому. Один из офицеров Ставки, М. Лемке, писал о нем: «Федоров катается здесь, как сыр в масле, ровно ничего не делает, получает массу, дамами весьма любим».[809]
Достаточно настороженно относился к профессору начальник подвижной охраны царя А. И. Спиридович. По его мнению, С. П. Федоров принес в ближайшее окружение царя «чуждое начало», которое было связано с иным жизненным опытом и определенными политическими симпатиями профессора. А. И. Спиридович подчеркивает, что «лейб-хирург Федоров, женатый на москвичке из купеческой семьи, он хорошо знал среду купечества и много говорил об этой силе, все более и более добивавшейся власти. Имена Рябушинских, Второвых, Гучковых и др. москвичей пересыпались в разговорах с Федоровым. Много там было неясного, недоговоренного, что уразумелось только потом».[810]