Семьдесят лет спустя, около 800 г. ученый монах Федор Студит, игумен студийского монастыря старого устава, горячо проповедовал, что светские властители не имеют права вмешиваться в вопросы церковного учения и устройства: духовная власть выше светской. Духовенство может судить государя, но не государь духовенство. Немыслимо, чтобы царь стоял выше закона, обязательного для всех смертных. «Если это так, то одно из двух: или царь — Бог, потому что лишь Бог не подчинен закону, или же господствуют беззаконие и возмущение». Федор Студит сидел в тюрьме и терпел пытки, но все-таки не соглашался «ни на один час скрывать свое слово в тайне». Он ссылался на пример независимых римских епископов на далекой западной окраине. Рим в его глазах был «главой церквей, светлым, чистым источником веры, спокойной и верной пристанью, спасающей всех христиан от бурь ереси».
После собора 787 г. монахи и священники, стоявшие за независимость церкви, остались недовольны. Цари-иконопочитатели, сменившие иконоборцев, не отдавали имущества, захваченного у монастырей. Федор Студит и его единомышленники враждовали с двором и патриархом, угождавшим двору.
Еще два раза разгоралось иконоборство, но под конец опять пришли к решениям собора 787 г. В 843 г. было устроено большое примирение в Константинополе. Явилось множество монахов с Олимпа, Афона и других святых гор. Иконы были окончательно восстановлены, и в память этого события установили праздник православия. Война, которую вели суровые сектанты против искусства, оставила свой след. В храмах сохранились образа, но исчезли большие статуи Христа, Богоматери и святых.
Византийская церковь удержала старинные обычаи, но потеряла самостоятельность: цари-иконопочитатели стали держать над ней властную руку так же, как цари-иконоборцы. Они решали церковные вопросы, самовластно назначали и смещали высшее духовенство. Вошло в обычай назначать патриарха из светских лиц. Патриарх стал как бы главным сановником при царе по духовным делам и должен был повиноваться царской политике. Во многих монастырях остались порядки, заведенные Константином V: они отдавались в харистикию, т. е. над ними ставили светских владетелей, которые получали доходы с монастырского владения.
Землевладельцы выделяли часть на содержание братии и удерживали остальное.
ПАВЛИКИАНЕ. ВОССТАНИЕ ФОМЫ СЛАВЯНИНА
В VI—VII в. широко распространилась ересь павликиан. В своей проповеди последователи этой секты опирались на послания апостола Павла. Ересь павликиан зародилась в Армении, а затем проникла в Византийскую империю, главным образом в Малую Азию. Павликиане проповедовали полное отречение от земных благ, требовали уничтожения церковной иерархии и монашества, отмены почитания икон.
В IX в. обострилась борьба между крупными землевладельцами — динатами («сильными») и разоренными, получившими в византийских памятниках того времени название пенетов («убогих»).
В 821 г. в Малой Азии началось народное движение, известное под названием восстания Фомы Славянина. Фома Славянин был командиром одной из малоазийских фем. В восстании приняли участие славяне, армяне, лазы, другие народности и племена. Хотя оно проходило под лозунгами восстановления иконопочитания, его поддержали павликиане и последователи иных еретических учений. К восстанию примкнула часть монашества. Под командованием Фомы Славянина собралась большая и хорошо вооруженная армия. На сторону восставших перешел флот малоазийских фем. Фома преследовал цель захвата верховной власти. При помощи арабов, которые в свою очередь хотели опереться на восставших в борьбе с византийским правительством, Фома добился провозглашения его императором. Он был коронован в Антиохии, находившейся в то время под властью Арабского халифата. Восставшие решили захватить Константинополь и свергнуть правительство.
Армия восставших росла с каждым днем. Они переправились во Фракию и Македонию, встретив там поддержку со стороны славянского населения. В течение года длилась осада Константинополя. Положение императора Михаила II (820—829 гг.) было критическим. Он обратился за помощью к болгарскому царю Омортагу. Восстание было подавлено. Отдельные отряды восставших держались в захваченных ими крепостях вплоть до 825 г. Предводитель восстания Фома Славянин в 823 г. был взят в плен и казнен.
После восстановления иконопочитания правительство обрушилось с репрессиями на павликиан. На эти действия павликиане ответили вооруженным восстанием. Была организована большая армия с суровой дисциплиной. Центром восстания павликиан стала крепость Тефрика в Малой Азии. Павликиане не раз наносили поражения византийским войскам. Борьбу павликиан с правительством Византии возглавил воин Хрисохир. Василию I Македонянину (867—886 гг.) удалось разбить непокорных. Хрисохир был убит, в 872 г. пала Тефрика. Движение павликиан еще долго имело своих последователей в Малой Азии, а в X в. получило широкое распространение в балканских областях империи, куда были выселены павликиане. В Болгарии их называли богомилы.