В армии грузинских царей, особенно во время царствования Тамары, служили представители многих народов. Значительную часть, конечно, составляли армяне. В период царствования Тамары грузинское государство являло собой многонациональное и многоплеменное образование. Царица Тамара в своей жалованной грамоте на имя Гелатского монастыря от 1193 г. перечисляет следующие свои титулы: «Именем бога я, Тамара Багратуниани, волей бога царствующая царица абхазов, грузин, ранов, кахов, армян, шазиншах и ширваншах».
Освобожденные из-под власти сельджукских эмиров, армянские земли вошли в состав грузинского государства. Кроме области Вананда с центром Карс, вошедшей в состав непосредственных владений грузинских царей, остальная часть Северной Армении «пользовалась полным внутренним самоуправлением. Грузинские цари не изымали даже с армянских земель налогов». В период царствования Тамары в Тифлисе на площади Дидубе — месте коронования царицы, время от времени происходили спортивные и другие состязания, где присутствовали связанные дружбой с грузинскими Багратидами ширваншахи.
В 1195 г. сельджукские захватчики, подстрекаемые багдадским халифом, снова напали на Ширван и изгнали оттуда ширваншаха Ахситана. Последний обратился за помощью к грузинской царице Тамаре. Вскоре грузинское войско, возглавляемое ее мужем, царем Давидом Сосланом, двинулось на помощь азербайджанским друзьям. В окрестностях Шамхора произошло ожесточенное сражение объединенных войск с врагом. Сельджуки потерпели поражение и оставили территорию Азербайджана. Народы Закавказья вели совместную борьбу против сельджуков и в XII — XIII вв. Их общими усилиями были освобождены Ани, Ширак, Лори, Ганджа, Двин и многие другие города и местности Закавказья.
Осенью 1225 г. против завоевателя Джела-ад-дина около Гарни выступили грузино-армянские войска под командованием атабека Иванэ Долгорукого. Но в этом сражении они не добились успеха. Вражеские войска, получив большие подкрепления, двинулись дальше к Тифлису и в декабре 1225 г. окружили город. Войска вместе с населением долго защищали город. Только осенью 1226 г. Джелал-ад-дину удалось ценою огромных жертв и с помощью предательства захватить город.
Киракос Гандзакеци и другие армянские летописцы описывают зверства и бесчинства Джелал-ад-дина и восхваляют героические подвиги грузинских воинов, отдавших жизнь за родину. После захвата Тифлиса войска Джелал-ад-дина стремились овладеть Карсом и Ани, но безуспешно. Некоторые из защитников Тифлиса нашли убежище в Ани и принимали активное участие в обороне города. Для Джелал-ад-дина важнейшими стратегическими пунктами явились Тифлис, Ганджа и Двин. Поэтому армяно-грузинские войска и народные добровольцы вели упорную борьбу за освобождение этих городов.
В начале XIII в. Закавказье подвергается нашествию монгольских завоевателей. В 1235 г. под Ганджой, а в 1236 г. недалеко от Тифлиса азербайджанские, грузинские и армянские войска дали жестокое сражение монгольским завоевателям. Современники приводят интересные данные о патриотических действиях сынов братских народов Закавказья. Так, в боях за Ганджу отличились азербайджанцы и армяне, многие из них обессмертили себя богатырскими подвигами. Историк Киракос Гандзакеци пишет, что жители города героически сопротивлялись врагу, но когда Ганджа папа, горожане «вошли в свои дома и сожгли все, чтобы врагу ничего не досталось». После захвата Ганджи монгольские орды вторглись в Грузию и, «как стая саранчи, покрыли страну».
Монгольское иго легло тяжким бременем на народные массы. Монгольские чиновники устанавливали высокие налоги, бесчинствовали, грабили население, захватывали драгоценности и все, что попадалось под руку. Народы Закавказья не раз восставали против тяжелого монгольского ига. В 1249 г. в Тифлисе состоялось совещание грузинских и армянских князей, на котором они договорились поднять восстание против монгольского ига. Однако это решение стало известно монгольским властям, которые и предотвратили восстание. Но волнения не прекращались. Особенно примечательно восстание грузин и армян в 1260 г. во главе с грузинским царем Давидом VII. Народы Закавказья отвергли предложение Хулагу-хана участвовать в захватническом нашествии на Египет, а также отказались платить налоги. В восстании активно участвовало население районов Ширак, Лори, Гехаркуник и Хачен. Однако 200-тысячное войско Хулагу-хана, напав на восставшие районы, разорило и разграбило все, что попалось на его пути.
Спасаясь от монгольских набегов, переехали в Грузию тысячи армянских семей. Так, из Эрзерума в Грузию переселился крупный торговец армянин Умек, который был тесно связан с грузинским двором. В 1251 г. Умек построил армянскую соборную церковь в Тифлисе по типу Ахлатской церкви. Поддержка грузинских царей позволила Умеку и другим армянским влиятельным лицам развернуть широкую деятельность в Грузии и, в частности, в Тифлисе.