Цезарь же в это время был занят подавлением восстания, которым руководил вождь племени арвернов — Верцингеториг. Недовольство римской политикой и стремление изгнать из страны чужеземцев и захватчиков объединили почти все слои галльского общества. Цезарь потерпел серьезное поражение при городе Герговии, после чего вся Галлия примкнула к Верцингеторигу. Казалось, господству римлян настал конец, но внутренние раздоры ослабляли повстанцев. Борьба галлов против римлян была длительной и упорной. В конце концов, Цезарю удалось осадить Верцингеторига в городе Алезии, разбить армию галлов, шедшую к нему на помощь, и принудить его к сдаче. Верцингеториг в качестве пленника, в цепях, был отправлен в Рим, а затем казнен. Расправа с повстанцами была крайне жестокой. Галлия была настолько обескровлена, что стала неспособной к дальнейшему организованному сопротивлению. Вместе с тем Цезарь все более привлекал к себе галльскую знать, награждая ее римским гражданством за службу в его войсках, наделяя обширными земельными владениями и продвигая своих сторонников на должности городских магистратов.
После окончательного покорения Галлии, Цезарь все свое внимание сосредоточил на укреплении своих политических позиций в Риме. Он намеревался баллотироваться в консулы на 49 г. и выступить против Помпея и оптиматов.
Обладая почти диктаторскими полномочиями, Помпей провел закон, запрещавший Цезарю добиваться консульства до роспуска им солдат, что привело к окончательному разрыву между ними. Помпей по настоянию оптиматов начал собирать войска. Выступавшие за Цезаря и изгнанные из сената народные трибуны Курион и Антоний бежали к Цезарю, дав ему благовидный предлог начать войну якобы в защиту народных избранников. 10 января 49 г. Цезарь перешел отделявшую Галлию от Италии реку Рубикон и занял город Аримин. Гражданская война началась.
В Италии на стороне Цезаря были всадники, часть аристократии, плебс Рима и италийских городов, а главное — несравненно более сильная, чем у Помпея, армия, солдаты которой имели многочисленные связи в городах Италии. Крестьянство и средние слои горожан готовы были стать на сторону всякого, кто даст им мир и обеспечит неприкосновенность их имущества. Однако они скорее склонялись на сторону Цезаря, так как хотели уничтожения власти олигархии и богачей. Плебс и все те, кто шел в свое время за Катилиной и Клодием, рассчитывали, что Цезарь уничтожит долговые обязательства. Солдаты ожидали богатой добычи и земельных наделов. Помпея же поддерживали только правящая сенатская знать и крупные землевладельцы Италии.
В результате такого соотношения сил, Помпей не смог собрать армию, способную оказать сопротивление быстро продвигавшемуся по Италии Цезарю. Тогда он направился в Эпир и Македонию, чтобы собрать силы для продолжения борьбы. Овладев Италией, Цезарь расположил к себе землевладельцев и зажиточных горожан тем, что не только не объявил проскрипций, чего опасались некоторые, но открыто осуждал террористический режим Суллы и избрал своим лозунгом «милосердие». О Помпее, напротив, говорили, что он собирается блокировать Италию набранным на Востоке флотом, а затем отдать ее на разграбление войскам «варварских» царей.
Укрепив свою власть в Италии, Цезарь начал с Помпеем войну за провинции, население которых стало более или менее активным участником в этой борьбе. Главные свои надежды Помпей возлагал на зависимых от Рима царей и племенную знать. Восточные правители и фракийский царь прислали ему вспомогательные войска и флот. В самом начале войны Помпей заключил также союз с нумидийским царем Юбой, даровав ему титул «друга и союзника» римского народа. Племенная знать Далмации и Иллирика, находившаяся в постоянной вражде с приморскими торговыми городами, активно поддержала Помпея и помпеянцев. Многочисленных сторонников Помпей имел и среди аристократии кельтиберов, которую он сумел привлечь на свою сторону еще во время войны с Серторием. Помпеянцев поддерживали также богатые землевладельцы крупных привилегированных городов провинций.
В начавшейся войне на стороне Цезаря выступала активно помогавшая ему людьми и продовольствием галльская знать. Поддерживали его также торговые города Иллирика и Далмации и многочисленные, только еще начинавшие развиваться города Испании и Африки, а также все те, кто в издавна существовавших городах были враждебны местной олигархии и принадлежали к демократическим «партиям». У Цезаря были сторонники и в восточных провинциях, которые Помпей считал своим главным оплотом. Борьба между помпеянцами и цезарианцами в провинциальных городах была очень острой. Помпеянцы применяли против сторонников Цезаря жестокие репрессии — от конфискации имущества вплоть до смертной казни. Борьба эта ослабляла в военном отношении сторонников Помпея, так как нередко набранные на месте солдаты легионов и вспомогательных частей, недовольные действиями помпеянцев в их родных городах, массами переходили на сторону Цезаря.