Прежде всего Цезарь обеспечил свой тыл на Западе и очистил от помпеянцев Испанию, где у них было сосредоточено 7 легионов. После победы при Илерде, которая обеспечила ему власть в Испании, Цезарь отменил наложенные помпеянцами контрибуции и возвратил земли, конфискованные ими у противников аристократической партии.
Помпей располагал значительным флотом и сильной армией из 9 легионов и вспомогательных войск. Но тыл его был непрочен. Население страдало от непосильных контрибуций. Окружавшие Помпея оптиматы воспользовались случаем, чтобы поднять ростовщические проценты. Богатые города отдавались на разграбление солдатам. Все это усиливало цезарианскую партию. Когда Цезарь высадился в Эпире, греки и римские граждане многих городов Эпира, Македонии, Этолии, Фессалии послали к нему послов и впустили его гарнизоны. В первой битве при городе Диррахии Цезарь потерпел поражение, однако Помпей не сумел им воспользоваться. В решительной битве при городе Фарсале вспомогательная конница, на которую Помпей больше всего надеялся, бежала первой, и это бегство предопределило его поражение. Многие оптиматы, в том числе и Цицерон, перешли на сторону Цезаря.
Потерпевший поражение Помпей бежал в Египет, где был убит придворными малолетнего египетского царя Птолемея XII. В Египте Цезарь после трудной войны со сторонниками Птолемея утвердил на престоле его сестру Клеопатру. Оттуда он отправился в Малую Азию, где без труда одержал победу над сыном Митридата Фарнаком. В азиатских провинциях Цезарь снизил на одну треть налоги и оставил в вассальских царствах своих ставленников.
На стороне помпеянцев оставалась еще Африка, где они вступили в союз с нумидийским царем Юбой. Однако и здесь их положение было непрочным. Согнанные в их армию крестьяне разбегались. Когда Цезарь прибыл в Африку, многие города стали переходить на его сторону, а вошедшие с ним в сношения гетулы восстали против Юбы, зависимостью от которого они тяготились. Помпеянские солдаты дезертировали, приходилось мобилизовать рабов. В битве при городе Тапсе помпеянцы были окончательно разбиты:
Юба покончил с собой, Нумидия была превращена в римскую провинцию. На представителей городских верхов, поддерживавших помпеянцев, Цезарь наложил крупную контрибуцию.
Гражданская война, длившаяся четыре года, была завершена подавлением восстания, поднятого в Испании сыновьями Помпея — Гнеем и Секстом и поддержанного частью местного населения, страдавшего от управления Кассия Лонгина, легата Цезаря, не менее, чем от прежних наместников. Помпеянцы были разбиты Цезарем при Мунде в 45 г. Гней Помпей погиб, а Секст временно прекратил борьбу.
Став единоличным правителем государства, Цезарь получил бессрочную диктатуру, цензорскую власть. Он в большей мере, чем кто-либо из предшественников, нарушил римские республиканские традиции, сосредоточив в своих руках важнейшие магистратуры, делавшие его власть неограниченной. Кроме того, он получил еще ряд почетных привилегий и титулов.
Концентрация власти, опирающейся на военную силу, более рациональное использование богатства провинций, создание противовеса сенатской олигархии в виде широкого блока рабовладельцев различных частей Римской державы — вот основные направления внутренней политики Цезаря.
Претворяя их в жизнь, Цезарь установил сбор прямых налогов непосредственно государством, сохранив откупа только на косвенные налоги. Он издал новый закон против злоупотреблений наместников и их помощников. Впервые была осуществлена широкая колонизация провинций. Верхи провинциалов Цезарь привлекал раздачей римского и латинского гражданства, которым он наделял как отдельных своих сторонников, так и жителей Сицилии, Испании, Нарбонской Галлии. В провинциальных и италийских колониях и муниципиях он старался обеспечить господствующее положение местным рабовладельцам и солдатам, получавшим привилегии. Эти лица входили в городские советы. Некоторые города Азии и Греции получили автономию. Цезарь пополнил сенат своими сторонниками из военных командиров и уроженцев италийских городов и провинций, доведя число сенаторов до 900. Увеличил он и количество магистратур, которые отдавал своим ставленникам. Войско систематически наделялось землей.
Цезарь лишил сенат реальной политической власти, но не подорвал экономической мощи сената, состоявшего из крупных землевладельцев. Почти все видные помпеянцы были им прощены, и многие из них получили высокие назначения. Формально признав его власть, они не примирились с ограничением своей роли в политике и с монархическими устремлениями Цезаря. Подготовлявшийся Цезарем поход против парфян, который в случае удачи должен был еще более усилить его власть, заставлял эти круги опасаться, что рано или поздно Цезарь добьется провозглашения себя царем.