В X в. усиливается воинское сословие. В 30-е годы X в. в восточных провинциях началось антиправительственное выступление под руководством Тайра-но Масакадо. В 939 г., захватив несколько провинций, Масакадо объявил себя императором, но спустя несколько месяцев погиб в сражении с войсками Тайра-но Садамори и Фудзивара-но Хидэсада, посланными для усмирения смуты. В 940 г. антиправительственный мятеж в западных провинциях поднял Фудзивара-но Сумитомо.
В XI в. дом Фудзивара достиг пика своего политического могущества. В 1016 г. Фудзивара-но Митинага стал регентом при императоре Гоитидзё, который приходился ему внуком. Сын Митинага, Фудзивара-но Ёримити, занимал посты регента и канцлера с 1017 г. до 1067 г.
В 1068 г. на престол взошел император Госандзё, не имевший прямых родственных связей с домом Фудзивара. Госандзё не стал назначать канцлера из рода Фудзивара и, заручившись поддержкой других аристократических родов, предпринял попытку усиления императорской власти. В 1069 г. был издан указ о ликвидации сёэн, возникших после 1045 г. Кроме того, было создано специальное ведомство, отвечавшее за проверку документов, подтверждавших права землевладельцев. Незаконные владения изымались в пользу императорского дома. В 1072 г. на престол взошел сын Госандзё император Сиракава. В 1086 г. Сиракава отрекся от престола в пользу своего сына Хорикава и после отречения принял буддийский монашеский постриг. При этом Сиракава сохранил политическую власть и фактически управлял страной до своей смерти в 1129 г. Таким образом, на смену «правлению регентов и канцлеров» пришла система «правления отрекшихся императоров» (инсэй).
Во второй половине XI в. между феодалами восточных провинций вспыхивали частые войны. В 1062 г. Минамото-но Ёриёси подавил мятеж управлявшего обширными территориями, населенными эмиси, могущественного дома Абэ, представители которого отказались подчиняться губернатору и платить налоги. В то время как Ёриёси и его соратники были щедро награждены двором, сын Ёриёси Минамото-но Ёсииэ, прославившийся в ходе «Трехлетней войны» 1083–1087 гг. с домом Киёхара, попал в опалу, так как двор опасался могущественного военачальника и его вассалов. В это время дом Минамото значительно расширил свои земли за счет участков, коммендированных мелкими землевладельцами.
Если отрекшийся император Сиракава стремился ограничить расширение владений феодальных домов и буддийских монастырей, то император Тоба, отрекшийся от престола после смерти Сиракава и правивший страной до 1156 г., не препятствовал образованию новых сёэн. При Тоба императорский дом стал крупнейшим землевладельцем. Сразу после смерти Тоба в 1156 г. между его сыновьями, отрекшимся императором Сутоку и императором Госиракава, взошедшим на престол в 1155 г., развернулась борьба за главенство в императорском доме. Бывший долгое время главой дома Фудзивара Фудзивара-но Тададзанэ и его сын Ёринага поддержали Сутоку. В 1156 г. в столице произошли вооруженные столкновения, которые получили название «Смуты годов Хогэн» (Хогэн-но ран). Сторонники Сутоку потерпели поражение, и отрекшийся император отправлен в ссылку. Победа императора Госиракава была во многом определена поддержкой наиболее могущественного в западных провинциях дома Тайра во главе с Тайра-но Киёмори.
В 1159 г. в столице подняли мятеж Минамото-но Ёситомо и Фудзивара-но Нобуёри. Эти события получили название «Смута годов Хэйдзи» (Хэйдзи-но ран). Мятеж был подавлен Тайра-но Киёмори. В результате событий «Смуты годов Хэйдзи» дом Минамото был обезглавлен и уступил первенство дому Тайра. В 1167 г. Киёмори занял пост главного министра. Его дочь стала супругой императора Такакура и матерью императора Антоку, взошедшего на престол в 1180 г. Могущество дома Тайра основывалось не только на военной мощи его вассалов и доходах от подконтрольных провинций. Тайра также вели торговлю с Китаем и развивали судоходство во Внутреннем Японском море.
В конце 70-х годов XII в. произошел конфликт между Тайра и императорским двором. Отрекшийся император Госикракава был помещен под арест, знатные аристократы из его окружения лишились должностей и земельных владений. Но в 1180 г. против Тайра выступили феодалы восточных провинций во главе с Минамото-но Ёритомо, сыном Минамото-но Ёситомо. Война Тайра и Минамото продолжалась пять лет и закончилась в 1185 г. разгромом Тайра в морском сражении при Данноура. Итогом войны стало значительное ослабление хэйанских институтов власти и установление новой политической и административной системы, значительную роль в которой играли воины восточных провинций.