Духовенство вело непримиримую идейную войну с еретиками. Кроме того, власти жестоко преследовали тайных и явных сторонников языческих культов и обычаев, которые встречались во многих областях страны вплоть до XIII в. Таких «идолопоклонников» крестили, тогда как тех, кто извращал догматы Церкви, впадал в аиресис – ересь, пытался выделиться из состава церковной общины, кроме предания церковному проклятию, государство с подачи Церкви наказывало массовыми изгнаниями, ссылками, а случалось, пытками и казнями. Доставалось даже тем, кто имел отношения с еретиками, служил у них, получал их благословение, приглашал в гости, сохранял просто дружеские отношения. Император Юстиниан Великий объяснял: «справедливо лишать земных благ тех, кто не поклоняется истинному Богу». Поэтому его законы отстраняли еретиков от всех общественных должностей – гражданских, военных, даже муниципальных. Никто не мог быть принят на государственную службу, если его православие не удостоверялось тремя свидетелями под присягой на Евангелиях. Закон отстранял еретиков от всяких свободных профессий, возбранял им заниматься адвокатурой, быть профессорами «из опасения, чтобы они своим преподаванием не вовлекли простые души в свои заблуждения». Закон не допускал никаких внешних выражений еретического культа и запрещал еретикам собираться вместе, иметь свою иерархию, совершать Святое Крещение, хиротонию – рукоположение во священство и даже руковозложение – хирофесию, предписывал закрывать еретические храмы, требовал их разрушения или преобразования в православные церкви. Даже обращение в православие не открывало бывшим еретикам доступа в магистратуры, «потому что, – подчеркивал Юстиниан, – для них довольно и того, что они живы».
Ни ошибки богословов, ни доктрины сект, ни уклонения в ересь некоторых византийских императоров ни разу не поколебали ортодоксию Церкви. Она рассматривала инакомыслие как признак безумия, вызванного происками демонов, выступала против него вдумчивыми решениями Вселенских соборов, подчас длившимися многие месяцы, письменно запрещала сектантские догмы и, привлекая светские власти как орудие расправы, сжигала еретические произведения, а иногда и их главных адептов.
Впрочем, византийская Церковь могла быть терпимой, а византийское духовенство могло вести себя сдержанно, когда этого требовала государственная польза. Даже еретику или преступнику старались по возможности сохранить жизнь. Иоанн Хрисостом грозил христианам Божиим гневом и истреблением – «непримиримой войной во вселенной», если они вздумают желать зла еретикам и тем более убивать их. Только Бог мог определять, когда и как «все неисцелимо зараженные сами по себе подвергнутся наказанию». Таким образом, жестокость, необходимая для единства государства, не исключала компромиссов, когда такие компромиссы были на пользу тому же единству. К примеру, распространение расходившихся с ортодоксальным православием монофиситства и монофелитства на Востоке в VI–VII вв. объяснимо как раз стремлением удержать население склонных к ним восточных провинций под властью ромейского императора.
В этой борьбе Церковь и государство постоянно прибегали к помощи рядовых православных ромеев – халкидонитов, или синодитов, как их иногда называли, призывая народ во что бы то ни стало отстаивать ортодоксальные религиозные традиции, а значит, официальную государственную идеологию, и сопротивляться апосхисам – «отщепенцам». Стоит только вспомнить, какой резонанс в византийском обществе имели близкие к официальной Церкви «мудрствующие», «благородные ереси» – арианство, несторианство, монофиситство и монофелитство, а затем иконоборство, осужденные Вселенскими соборами, война с движением павликиан – наследников манихеев и предшественников богомилов, долгая борьба с самими богомилами, разделение Церквей после 1054 г., неоднократные трагические попытки заключения унии с Римским церковным престолом в XIII–XV веке.
Как ни странно, влияние не очень энергичного на первый взгляд византийского миссионерства было бо`льшим, нежели западного, католического, уже хотя бы потому, что византийские миссионеры вводили богослужение на любых местных языках, даже варварских, как это было, например, с Крещением в середине XI в. проповедником монахом Епифанием печенежской орды хана Кегена, которого император пожаловал высоким саном патрикия. Ромеи переводили на эти языки проповеди, церковную литературу, в то время как католический Рим выступал против переводов Литургии и вел ее только на латыни. Такая гибкая политика не могла не способствовать углублению византийского политического и идейного влияния среди варваров, и особенно в христианских странах.