Но предсказал и страшные беды: «Вы до антихриста не доживете, а времена антихристовы переживете», — не раз предупреждал он сестер. Предсказывал даже совершенно необыкновенное про эти времена Божий прозорливец старице Евдокии. «И скажу тебе: всем хорош будет мой собор. Но все-таки еще не тот это дивный собор, что к концу-то века будет у вас. Тот, матушка, на диво будет собор. Подойдет антихрист-то, а он весь на воздух и поднимется, и не сможет он взять его. Достойные, которые взойдут в него, останутся в нем, а другие хотя и взойдут, но будут падать на землю. Так и не сможет взять вас антихрист. Все равно, как в Киеве: приходили разбойники, а церковь-то поднялась на воздух, — как повествуется в сказании о Киево-Печерской Лавре».
Когда же его однажды некто хотел спросить о конце мира и времени пришествия антихриста, то на это преподобный смиренно прозрел его и ответил так: «Радость моя! Ты много думаешь об убогом Серафиме: мне ли знать, когда будет конец миру сему и тот великий день, в который Господь будет судить живых и мертвых и воздаст каждому по делом его? — Нет, сего мне знать невозможно!»
Послушник в страхе припал к ногам прозорливого старца, а святой Серафим, подняв его, продолжал: «Господь сказал Своими пречистыми устами:
Действительно, скоро же после кончины отца Серафима начались напасти в связи с неким послушником Иоанном Толстошеевым, который возомнил себя заместителем батюшки и стал вторгаться в жизнь Дивеева. Из этого потом произошла великая смута, которая не только втянула в себя сестер, но и архиереев, а потом и Синод, и даже — Царский дом... Не будем, однако, останавливаться на этом несчастном периоде... Кончился он мудрым вмешательством митрополита Московского Филарета, который, как и его духовник, архимандрит Антоний, наместник Троицкой Лавры, чтил отца Серафима и созданную им обитель.
К концу жития отца Серафима в его девичьей киновии было уже 73 сестры. Во главе их стояла Прасковья Степановна Шаблыгина; а в Казанской общине продолжала управлять всем Ксения Михайловна Кочеулова. Сестры девичьей обители прилепились душою к отцу Садовскому. Он, собственно, и был духовным главой их. В 1842 году обе обители были соединены. Завет отца Серафима был забыт. От этого произошло потом много скорбей.
В 1848 году, 5 июня, после большой борьбы между защитниками воли батюшки и Иоанном Толстошеевым с почитателями его, совершилась все же закладка собора, предреченного отцом Серафимом, и именно на указанном им месте. Это был первый радостный день Серафимовым сиротам за все 15 лет после кончины его. А в 1851 году была назначена Екатерина Васильевна Лодыженская, девица из дворян Пензенской губернии. Около же этого времени, 27 декабря 1844 года, в Дивеевский монастырь поступила молодая 25-летняя помещица Тульской губернии Елизавета Алексеевна Ушакова. Прежде это была веселая женщина; но потом, после чтения творений святителя Тихона Задонского, изменилась и решила оставить мир. Она явится тем благословенным лицом, которое утихомирит обитель — согласно предсказанию батюшки...
При поступлении в должность настоятельницы матушки Екатерины в обители было уже 390 сестер. При ней на место казначеи и была назначена Ушакова.