Союзникам уже было известно и о других ужасах. В 1938 г. «подразделение 731», созданное для ведения биологической войны, было развернуто под патронажем Квантунской армии в районе Харбина на территории Маньчжурии. Этот огромный комплекс, которым руководил генерал Сиро Иcии, в то время имел штат из 3000 ученых и врачей из университетов и медицинских учебных заведений Японии, и 20 тыс. человек вспомогательного персонала. Они готовили бактериологическое оружие со штаммами черной оспы, тифа, сибирской язвы, холеры и испытывали его более чем на 3 тыс. заключенных-китайцев. Они проводили эксперименты над своими жертвами, которых называли «марута», или «дрова», используя сибирскую язву, горчичный газ и обморожения. Эти человеческие подопытные «морские свинки» состояли из арестованных кэмпэйтай (японской военной полицией) китайцев, около 600 из которых ежегодно отправляли в эту часть.
В 1939 г. во время боев на Халхин-Голе против войск генерала Жукова, сотрудники «подразделения 731» попытались заразить возбудителем брюшного тифа реки в округе, но последствия этой акции не были тогда задокументированы. В 1940 и 1941 гг. над Центральным Китаем разбрасывали с самолета рисовую и хлопковую шелуху, зараженную черной оспой. В марте 1942 г. Императорская армия планировала использовать зараженных оспой блох против американских и филиппинских защитников полуострова Батаан, но те сдались прежде, чем все было подготовлено к началу операции. А позднее в том же году в провинции Чжэцзян, в ответ на первую американскую бомбардировку Японии, были распылены возбудители тифа, оспы и холеры. По разным оценкам, в этом районе погибло 1700 японских солдат и сотни китайцев.
Целый батальон этих биологических войск был направлен в Сайпан перед высадкой американцев, но большинство военнослужащих батальона были эвакуированы еще до высадки американцев и утонули, когда американская подводная лодка потопила корабль, на котором их эвакуировали. У японского командования существовали и планы бомбить Австралию и Индию биологическим оружием. Документы об этих планах попали в руки американских морских пехотинцев на аттоле Кваджалейн, но самим планам не суждено было сбыться. Японцы хотели заразить остров Лусон на Филиппинах холерой перед вторжением американцев, но и это не было осуществлено.
Императорские ВМС на базах Трук и Рабаул экспериментировали на пленных, в основном американских пилотах, переливая им кровь больных малярией. Других убивали в ходе экспериментов с различными смертельными инъекциями. Даже в апреле 1945 г. приблизительно на сотне австралийских военнопленных, больных и здоровых, проводились эксперименты с неизвестными инъекциями. В Маньчжурии 1485 американских, английских, австралийских и новозеландских военнопленных, содержавшихся в Мукдене, были использованы для различных экспериментов с патогенными микробами.
Пожалуй, самым шокирующим эпизодом во всей истории «подразделения 731» было согласие Макартура (после капитуляции Японии) предоставить всем, кто был связан с этими экспериментами, включая генерала Исии, иммунитет от преследования. Это соглашение позволило американцам получить все накопленные при проведении опытов данные. Даже когда Макартур узнал, что пленных союзников убивали в ходе опытов, он приказал прекратить все уголовные дела. Требования СССР предать Исии и его персонал Международному Токийскому трибуналу были решительно отклонены.
Лишь несколько врачей, которые применяли наркоз, а затем проводили хирургические эксперименты над пленными американцами из экипажей бомбардировщиков, понесли наказание, но они не имели отношения к «подразделению 731». Другие японские военные врачи выполняли вивисекции сотен китайских пленных без наркоза в многочисленных госпиталях, но им не было предъявлено обвинений. Врачи японской медслужбы не проявляли уважения к человеческой жизни, так как сознательно исполняли приказы по избавлению от собственных «вышедших из строя солдат, которые не могли бы восстановиться… поскольку они были бесполезны для императора». Они также обучали японских солдат, как совершить самоубийство, чтобы не попасть в плен.