Подготовка к перебазированию заняла несколько часов. В 14.00 Аверочкин отправил донесение о готовности к выходу. Не были готовы к выходу по вышеуказанным причинам лодки С-1, С-3, М-71, «Спидола» и «Ронис». По некоторым данным, небоеготовые корабли, в том числе эсминец «Ленин», были подготовлены к взрыву уже в середине дня 22 июня. В 15.15 первого дня войны командир бригады подлодок приказывает своим подчиненным в Лиепае «выходить по готовности, на переходе учитывать обстановку военного времени». Однако в 16.30 Аверочкин сообщает, что командир Лиепайской базы капитан 1 ранга М. С. Клевенский не выпускает подлодки. Египко был вынужден обратиться к начальнику штаба КБФ за соответствующими указаниями в адрес командира базы.
Не следует думать, что основной заботой советских моряков 22 июня была подготовка к отступлению из Лиепаи. Лодки Л-3, М-79, М-81 и М-83 были сразу же высланы на позиции на подступах к базе с моря, которые они должны были занимать по предвоенным планам. В 9.30 Лиепаю покинула М-83, в 10.30 – М-81, в 19.30 – Л-3. Тральщик «Фугас», несмотря на неисправность двигателя, выставил минное заграждение из 207 мин на подходах к Лиепае. Тральщики этого проекта, несмотря на основное предназначение бороться с минами противника, имели возможность брать на борт и устанавливать небольшое количество морских мин заграждения. Постановка «Фугаса» оказалась весьма результативной: до конца года на его минах подорвались немецкие тральщики M 3134, M 1708 и M 1706, сторожевой корабль V 309 и охотник за подводными лодками UJ 113.
Эвакуация кораблей из Лиепаи началась, когда части 291-й пехотной дивизии уже подошли к городу. Первый бой на ближних подступах к Лиепае состоялся в ночь на 23 июня. В нем участвовали разведывательный батальон 67-й стрелковой дивизии и ее 281-й стрелковый полк в неполном составе. Когда в надвигающейся темноте летней ночи затрещали выстрелы пулеметов и первые залпы орудий, отданный еще в середине дня приказ начал выполняться. В 23.20 22 июня базу покинули и направились в Виндаву подлодки С-9, «Калев» и «Лембит». Впоследствии «Лембит» станет одной из самых знаменитых советских лодок. Подводные лодки М-77 и М-78 вышли из Лиепаи после полуночи, т. е. уже 23 июня. М-78 была потоплена на переходе немецкой подводной лодкой U-144. Также 23 июня из базы ушли тральщик «Фугас» и малые охотники. Из числа гражданских судов порт покинули танкер «Железнодорожник» и восемь транспортов. Оставшиеся в базе эсминец «Ленин», подлодки «Ронис», «Спидола», М-71, М-80 и С-1 были впоследствии взорваны экипажами во избежание их захвата противником. Та же судьба постигла подлодку М-83, вернувшуюся в базу с позиции из-за повреждения перископа. До того как Лиепая была блокирована с суши 23 июня, ее покинули эшелон с семьями гарнизона и железнодорожная батарея. Оборона Лиепаи продолжалась до 27 июня, а отдельные разрозненные отряды сопротивлялись до 29 июня.
Ханко.
Своим появлением военно-морская база Ханко обязана мирному договору между СССР и Финляндией от 12 марта 1940 г. Финляндия обязалась: «сдать Советскому Союзу в аренду с ежегодной уплатой Советским Союзом 8 млн финских марок, сроком на 30 лет, полуостров Ханко и морскую территорию вокруг него, радиусом в 5 миль к югу и востоку и в 3 мили к западу и северу от него и ряд островов, примыкающих к нему… для создания там военно-морской базы».[450]Аренда базы Ханко укладывалась в концепцию обороны минно-артиллерийской позиции в Финском заливе. Также на Ханко имелись возможности для удобного базирования кораблей. Уже 20 марта 1940 г. нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов приказал командующему КБФ сформировать военно-морскую базу Ханко в составе: управление базы (командование и штаб, политотдел), 3-й дивизион эскадренных миноносцев («Артем», «Володарский», «Карл Маркс», «Энгельс»), 2-й дивизион тральщиков (Т-208, Т-210, Т-213) и катеров. Однако потенциально в Ханко мог базироваться целый флот, включая крупные корабли. Переброски на Ханко начались в 1940 г., еще когда Финский залив был скован льдом, самолетами ТБ-3, что говорит о немалом интересе к этой базе со стороны командования.