Аллен впервые работал с оператором Антониони Карло Ди Пальмой, съемки начались осенью в 1984 году в Нью-Йорке, в реальной квартире Фэрроу в Лэнгхэме в Центральном парке, она стала квартирой Ханны, а ее дети принимали участие в сценах с большой семьей на День благодарения. Они приходили к 8:30, набрасывали свои действия, иногда им приходилось начинать съемку лишь к девяти вечера, потому что световой день был слишком долгим. «Моя квартира превратилась в ад, — рассказала Фэрроу, которая несколько ночей не могла найти свою собственную кровать. — Комнаты были завалены оборудованием. 40 людей приходили на рассвете и занимали любое возможное место, наши личные драгоценности были унесены неизвестно куда. Кухня стала активной съемочной площадкой на недели… было странно снимать в моей собственной квартире — моя кухня, мои кастрюли, мои дети, произносящие реплики, Майкл Кейн в моей ванной в халате ковыряется в моей аптечке. Или я лежу на своей собственной кровати, целую Майкла, а Вуди смотрит… Волнение, и невозможность найти что-либо иногда немного сводили меня с ума. Но детям все нравилось».
Как обычно единственными реальными указаниями Аллена своим актерам были изменения слов в сценарии, чтобы они чувствовали себя комфортно. «Первое, что он говорил — если тебе не комфортно, поменяй слова, — сказала Дайан Уист. — Небольшие вещи, как изменение глагола или существительного, или добавление „Знаешь“. Вы знаете?» Он также подталкивал всех к тому, чтобы говорить одновременно, прерывать друг друга и реагировать на реплики друг друга. «Вуди мог сказать нам: „Не надо просто пассивно слушать. Вы должны внятно реагировать“, — рассказала Фэрроу. — Другие режиссеры не любят перекрытие фраз, потому что это мешает им монтировать в обычном режиме с крупными планами и кадрами, снятыми через плечо. Но стиль Вуди заключается в том, чтобы делать долгие мастер-планы, которые покрывают всю сцену в одном текучем движении, что означает, что создание атмосферных диалогов иногда лучше, чем создание чего-то действительно важного. Один оператор называл это „добавить чего-то не очень существенного“».
Только когда он слышал фальшь, он набрасывался на актера. Однажды он поймал Кэрри Фишер, которая пыталась сымитировать сбивчивую игру Дайан Китон, он ей сказал: «Не делай так, скажи одну фразу за один раз». А когда она пришла на сцену с вечеринкой и размахивала руками, он ей сказал: «Ты играешь как моя тетя Вельма». Он также лично подбирал гардероб и прическу для каждой актрисы, проверял макияж и перепроверял его, он даже переснимал сцену, если чувствовал, что малейшая деталь в их внешности выглядит не так. Однажды Барбара Херши надела на съемочную площадку свой любимый голубой свитер, она не собиралась надевать его во время съемок. «Он мне сказал: „Не носи этот цвет, пока ты живешь“. Мне было тяжело снова надеть этот свитер после такого».
«В фильме очень простой сюжет о мужчине, который влюбляется в сестру своей жены… но я перечитал „Анну Каренину“ и подумал, интересно, как этому парню удалось рассказать несколько разных историй, перепрыгивая от одной истории к другой. Мне понравилась идея экспериментирования с этим».
Только около 20 % оригинального сценария попало в фильм. Многие завершенные сцены были вырезаны, например сцена в художественной галерее с Тони Робертсом и сцена секса Херши и Кейна; также были обычные пересъемки, включая концовку, которая изначально показывала Эллиота, который по-прежнему безнадежно влюблен в Ли, но он не может выбраться из своего брака с Ханной. «Но когда я это посмотрел, это было похоже на что-то, уже убранное со стола. Она была негативной, унылой. Так что я интуитивно довел вещи до концовки, где все персонажи счастливы, и картина была очень успешной. Но мне она никогда не казалось позитивной. Мне казалось, что у меня есть очень душераздирающая идея, но, в конце концов, я этого не сделал».
С этой планки он мог формировать клин, который позволил ему полностью изменить фильм («„Ханна и ее сестры“ — это фильм, который, мне кажется, я очень сильно запорол») — точно так же он делал со всеми фильмами, которые получали широкий успех, но многие с этим не соглашались, включая Барбару Херши. «Общее представление о том, какими глупыми и грустными, и веселыми, и очаровательными мы являемся, чтобы так много думать обо всех этих отношениях, хотя на самом деле мы все умрем. И тем не менее, а что еще нам остается? Это чудесный взгляд на то, насколько важна наша жизнь, и в течение небольшого промежутка времени мы получаем лучшее, на что мы способны, исключая то, что делаем из себя абсолютных дураков, пытаясь жить. Такие милые концовки реально воздействуют на меня».