16 апреля 2013 г. «Московия» сообщила о завершении переучивания на новый для нее тип самолета четырех летных экипажей (восемь пилотов). Окрашенный к началу мая в цвета авиакомпании SSJ100 № 95021 получил регистрационный номер RA-89021 и имя собственное «Юрий Шеффер» — в честь Героя России, Заслуженного летчика-испытателя (1947–2001), долгие годы работавшего в ОАО «Туполев», а затем ЛИИ им. М.М. Громова (ранее его имя носил Ту-154М (RA-85743), эксплуатировавшийся в «Московии» в 2006–2009 гг.).
Вышедший на рейсы «Московии» самолет № 95021 был изготовлен в прошлом году и первоначально предназначался для поставки в армянскую авиакомпанию «Армавиа». Впервые в воздух он поднялся 3 июня 2012 г. и к концу того же месяца, пройдя окраску в цвета «Армавиа» и получив регистрационный номер EK95016 и имя собственное «Фрунзик Мкртчян», в честь знаменитого армянского киноактера, уже был готов к сдаче заказчику. Однако в связи со сложным финансовым положением перевозчика, поставка его тогда так и не состоялась. С 21 июля прошлого года самолет находился на хранении на базе ЗАО «ГСС» в Жуковском.
Наконец, к концу прошлого года, машине был найден новый заказчик. Но поставка «Московии» неоднократно откладывалась из-за сложного финансового положения авиакомпании и затянувшихся переговоров с лизингодателем, которым должна была выступить Государственная транспортная лизинговая компания (ГТЛК). Тем не менее, в конце мая 2013 г. Росавиация дала разрешение на включение SSJ100 в сертификат эксплуатанта «Московии». Но фактическая передача машины перевозчику состоялась только 9 августа, когда она перелетела из Жуковского в Домодедово. Пока окончательного соглашения с ГТЛК не достигнуто, самолет передан «Московии» в краткосрочный операционный лизинг самим ЗАО «ГСС». Он имеет двухклассную компоновку на 93 места (8 мест в бизнес- классе и 85 — в экономическом).
В мае этого года окраску в ливрею «Московии» прошел и второй «Суперджет» — бывший самолет «Армавиа» (серийный № 95007), ставший в апреле 2011 г. первым SSJ100, переданным в коммерческую эксплуатацию. Под флагом «Армавиа» эта машина, имевшая регистрационный номер EK95015 и имя «Юрий Гагарин», налетала с апреля 2011 г. по начало июня 2012 г чуть более 2200 часов в почти 900 коммерческих рейсах, после чего прибыла на базу «Гражданских самолетов Сухого» в Жуковском для проведения планового технического обслуживания. Однако из-за появившихся финансовых разногласий производителя и эксплуатанта она на четыре месяца «зависла» на базе ГСС. В конечном итоге сторонам удалось договориться об условиях продолжения эксплуатации первого SSJ100 в «Армавиа», и 2 октября 2012 г. он, наконец, перелетел из Жуковского в Ереван. С 4 октября он снова выполнял пассажирские рейсы под флагом «Армавиа» из ереванского аэропорта Звартноц в Москву (Домодедово), Екатеринбург, Краснодар, Нижний Новгород и Уфу, а также в Дубай, Милан и Тель-Авив. Однако продолжались они недолго, и 22 октября 2012 г. из-за финансовых проблем авиакомпании эксплуатация машины в Армении была остановлена окончательно. За все время самолет налетал в «Армавиа» 2300 часов в 932 рейсах при среднемесячном налете (без учета периода четырехмесячного простоя в Жуковском) около 166 ч (максимально достигнутый результат — 240 ч в месяц). Салон лайнера имел компоновку на 98 мест экономического класса.
Несмотря на то, что SSJ100 № 95007 уже довольно давно перекрашен в цвета «Московии», в коммерческую эксплуатацию передаваться он, видимо, пока не будет, а останется в ГСС, заменив на время опытный самолет № 95005, требующий ремонта после инцидента 21 июля 2013 г. в аэропорту исландского Кефлавика. Вместо него в начале августа ливрею «Московии» получил еще один «Суперджет» — возвращенный нынешней весной «Гражданским самолетам Сухого» первый самолет «Аэрофлота» в комплектации «лайт» (№ 95008, RA-89001). 14 августа эта машина в своем новом облике и теперь носящая имя Валентин Васин, в честь Героя Советского Союза, Заслуженного летчика-испытателя СССР (1923–2010), полвека проработавшего в ЛИИ им. М.М. Громова, выполнила первый полет в Жуковском.
9 августа 2013 г. в Комсомольске-на-Амуре совершил первый полет очередной серийный самолет с № 95033. Эта первая машина, которая должна быть поставлена авиакомпании «Газпром авиа», заказавшей у ГСС в августе 2011 г десять «Суперджетов» в версии увеличенной дальности — SSJ100-95LR.