Следующей дальней экспедицией М-55 должны были стать полеты по международной программе TROCCINOX в Бразилии, которые первоначально планировались на январь-февраль 2004 г. Однако затем график экспериментов был скорректирован, и перелет «Геофизики» в Латинскую Америку был отложен на целый год. В определенной степени это была вызвано бюрократическими «рогатками», препятствовавшими получению ЭМЗ им. В.М. Мясищева разрешения на очередную заграничную экспедицию М-55. Необходимое разрешение было получено от российского Министерства обороны только в декабре прошлого года, когда наконец удалось подготовить документы о формальной передаче самолета, уже прочти 10 лет участвующего в программах международных научных экспериментов, с баланса военных разработчику.
Программа TROCCINOX, финансируемая Комиссией ЕС, проводится параллельно с бразильским исследовательским проектом TroCCiBras при поддержке института IPMET, университета UNESP и компании Embraer. Ее целью является изучение образований окислов азота от разрядов молний тропических гроз, а также состава и концентрации газов, частиц льда и аэрозолей в верхних слоях тропосферы и нижних слоях стратосферы в результате глубокой тропической конвекции воздушных масс. Помимо М-55 для этих исследований привлекаются самолеты Falcon и Bandeirante, однако только российской «Геофизике» по силам проводить летные эксперименты на высотах от 12 до 21 км.
Подготовка научного оборудования М-55 к программе TROCCINOX была проведена в немецком г. Оберпфаффенхофен (Oberpfaffenhofen), куда «Геофизика» перелетела 15 января 2005 г. Спустя три дня, 18 января, новое оборудование было опробовано в испытательном полете, а еще через день М-55 вылетел в Севилью (Seville). 23 января был выполнен перелет из Севильи на о. Сал, и сразу же после дозаправки – в бразильский г. Ресифи. Наконец, 27 января «Геофизика» прибыла на аэродром бразильского городка Арасатуба (Aracatuba), откуда и предстояло выполнить серию полетов по программе TROCCINOX. Первый из них состоялся 1 февраля, а всего до 18 февраля «Геофизика» совершила восемь полетов по заранее согласованной программе научных экспериментов, в т.ч. по изучению грозовых облаков, тропической конвекции и валидации аппаратуры космического аппарата ENVISAT. Все поставленные задачи были успешно выполнены, и 24 февраля 2005 г., взяв курс на Ресифе, М-55 отправился домой в Россию.
Участие самолета «Геофизика» в международных программах изучения атмосферы позволяет его создателям не только поддерживать машину в летном состоянии, но и, несмотря на практическое отсутствие государственного финансирования, осуществлять дальнейшее развитие семейства дозвуковых высотных самолетов М-55. Родившись как специализированная машина военного назначения, но в силу сложившихся обстоятельств так и не найдя применения в вооруженных силах, «Геофизика» сегодня имеет неплохие перспективы на рынке специальных гражданских самолетов. Поэтому сейчас на ЭМЗ им. В.М. Мясищева развивают в первую очередь именно эту линию эволюции высотного дозвукового самолета. В конце 90-х гг. был проработан проект усовершенствованной модификации «Геофизика-2» с увеличенной площадью крыла и большим запасом топлива. Благодаря этому должны были возрасти дальность и продолжительность полета. Самолет предлагался для новых программ научных экспериментов по изучению высоких слоев атмосферы, для чего его планировалось оснастить еще более разнообразным комплектом исследовательской аппаратуры. Для повышения эффективности научных экспериментов на борту предполагалось оборудовать место для второго члена экипажа – специалиста-экспериментатора.