В соответствии с Указом президента Республики Казахстан, вступившим в силу 1 июня 1998 г., на базе ВВС и войск ПВО был создан единый вид вооруженных сил республики – Силы воздушной обороны (СВО). При этом основной структурной единицей СВО стали авиабазы, сформированные путем объединения бывших авиаполков, отдельных батальонов аэродромно-технического обеспечения (ОБАТО) и отдельных батальонов связи и радиотехнического обеспечения (ОБС). Боевые самолеты были сосредоточены на авиабазах Жетыген (бывшая Николаевка, 600-я авиабаза, бомбардировщики Су-24 и разведчики Су-24МР), Луговая (601-я авиабаза, истребители МиГ-29), Шымкент (прежнее название – Чимкент, 602-я авиабаза, штурмовики Су-25), Талдыкорган (до 1993 г. – Талды-Курган, 604-я авиабаза, истребители Су-27, истребители-бомбардировщики МиГ-27 и самолеты МиГ-23 на хранении). Истребители-перехватчики МиГ-31 находились на аэродроме Жана-Семей (Семипалатинск, с 2007 г. – г. Семей), а с 2001 г. – и на новой 610-й авиабазе в аэропорту Сары-Арка (Караганда). Учебные самолеты L-39 входили в состав 601-й авиабазы в Луговой (позднее переданы 609-й авиабазе в Балхаше), вертолеты Ми-8 и Ми-24 – 607-й авиабазы в Ушарале (прежнее название – Уч-Аарал), Ми-26 и Ми-8 – 612-й авиабазы в Таразе (до 1993 г. – Джамбул, в 1993-1997 гг. – Жамбыл).
Транспортная авиация (самолеты Ан-12, Ан-26 и Ан-72, самолеты и вертолеты правительственного авиаотряда) обычно базировалась в Алма-Ате (603-я авиабаза) и ставшей в 1997 г. столицей Казахстана Астане (до 1992 г. город носил название Целиноград, в 1992-1998 гг. – Акмола). Основным местом дислокации самолетов и вертолетов Пограничной службы Комитета национальной безопасности РК стал аэропорт Аулие-Ата в Боралдае (ранее – Бурундай, Ми-8, Ан-26, Ан-72). Кроме того, вертолеты Ми-8 часто можно было видеть в Семипалатинске (Жана- Семей), Первомайском и на ряде других аэродромов. В интернете имеются также данные о 605-й авиабазе в Актау (до 1991 г. – г. Шевченко), однако, судя по всему, постоянного базирования самолетов там в последние годы уже не было. Перестали эксплуатироваться в интересах СВО и аэродромы Жангиз-Тобе, Луговая и Сары-Шаган.
Подготовка летного и инженерно-технического состава для СВО РК с середины 90-х гг. проводится в Военном институте Сил воздушной обороны им. дважды Героя Советского Союза Т.Я. Бегельдинова в Актобе (до 1999 г. – Актюбинск). Он создан по постановлению правительства РК от 4 июня 1996 г. на базе Актюбинского высшего летного училища гражданской авиации и в 1996-2003 гг. именовался Актюбинским высшим военным авиационным училищем (АВВАУ). При Военном институте СВО, кстати, организован музей авиационной техники, которому переданы различные образцы самолетов и вертолетов, в т.ч. уже снятые с вооружения в Казахстане.
В настоящее время Казахстан остается последней страной на постсоветском пространстве, где еще продолжают летать самолеты семейства МиГ-23, и одной из трех в мире (помимо Индии и Шри-Ланки), эксплуатирующей истребители-бомбардировщики МиГ-27.
После распада СССР на территории Казахстана осталось около 120 таких самолетов. Все одноместные истребители МиГ-23МЛД из расформированного еще в 1990 г. в Талды-Кургане 905-го истребительного авиаполка к тому моменту уже не летали. В 1992 г. прекратил свое существование и 134-й авиационный полк истребителей- бомбардировщиков в Жангиз-Тобе, и все его МиГ-27М и МиГ-27Д были перебазированы в Талды-Курган, где продолжал свою службу 129-й авиаполк истребителей-бомбардировщиков на аналогичных самолетах. В результате на аэродроме сосредоточилось порядка 80 истребителей-бомбардировщиков МиГ-27 и около 40 истребителей МиГ-23МЛД, а также двухместных учебнобоевых МиГ-23УБ. Но большинство из них находилось уже в нелетном состоянии.