Другой важной программой ОКБ в этот период стало создание перспективного реактивного учебно-тренировочного самолета МиГ-АТ, начатое еще в 1990 г. и ставшее первым практическим опытом широкого сотрудничества ОКБ при разработке новой авиатехники с зарубежными партнерами. Первый полет на опытном образце самолета МиГ-АТ, оснащенном французскими двигателями Larzac и БРЭО французского производства, выполнил 16 марта 1996 г. летчик-испытатель Роман Таскаев. Спустя три года на испытания поступил и второй экземпляр машины с отечественной авионикой. На МАПО готовилось серийное производство МиГ-АТ, однако ВВС России в итоге предпочло альтернативный проект, предложенный ОКБ им. А.С. Яковлева. В 2008 г. оба МиГ-АТ были превращены в летающие лаборатории и использовались для испытаний новых двигателей – РД-1700 и АЛ-55.
Много внимания в постсоветский период ОКБ стало уделять модернизации ранее выпущенной техники. Крупный контракт на модернизацию 125 истребителей МиГ-21бис пришел от ВВС Индии. Прототип модернизированного МиГ-21-93, получившего современную РЛС «Копьё», новое приборное оборудование и вооружение, поднялся в первый полет 25 мая 1995 г., а с 1998-го стартовала программа доработки самолетов заказчика, основная часть которой выполнялась с использованием поставляемых Россией комплектов непосредственно в Индии.
В 90-е гг. были также заложены основы для получивших успешное развитие уже в новом тысячелетии программ дальнейшей модернизации наиболее современных истребителей ОКБ – МиГ-29 и МиГ-31 в интересах как зарубежных заказчиков, так и ВВС России.
Одним из важнейших результатов первого десятилетия нового века в жизни РСК «МиГ» стало укрепление компании как интегрированной структуры, объединяющей разработчика и производителей самолетов «МиГ». Основой корпорации сегодня являются Инженерный центр «ОКБ им. А.И. Микояна», уже 15 лет возглавляемый Владимиром Барковским, Производственный центр (включает Производственный комплекс №1 в подмосковных Луховицах, Производственный комплекс №2 в Москве и Калязинский машиностроительный завод) и Летноиспытательный центр им. А.В. Федотова. Общее руководство РСК «МиГ» в должности Генерального директора – Генерального конструктора в эти годы осуществляли Николай Никитин (с февраля 1999 по октябрь 2003 гг.), Валерий Торянин (с ноября 2003 по сентябрь 2004 гг.), Алексей Федоров (с сентября 2004 по октябрь 2007 гг.), Анатолий Белов (с декабря 2007 по декабрь 2008 гг.), Михаил Погосян (с января 2009 по июнь 2011 гг.). С июня 2011 г. корпорацию возглавляет Генеральный директор Сергей Коротков.
Основные работы РСК «МиГ» в последние годы и на ближайшую перспективу связаны с дальнейшей модернизацией и поставкой заказчикам новых самолетов семейства МиГ-29 (МиГ-29СМТ, МиГ-29К/КУБ, МиГ-29М/М2, МиГ-35), модернизацией МиГ-31 (МиГ-31БМ), участием в работах по созданию боевых пилотируемых и беспилотных летательных аппаратов нового поколения. Важнейшими событиями, наряду с заметным прогрессом по главным «экспортным» программам корпорации (модернизация строевых МиГ-29, поставки МиГ-29СМТ, разработка и поставки МиГ-29К/КУБ, разработка МиГ-35) стало «возвращение» после длительного, более чем 15-летнего перерыва главного заказчика – ВВС России. В результате, в 2008 г. в отечественные войска поступили первые модернизированные перехватчики МиГ-31БМ, в 2009 г. начались поставки в части российских ВВС истребителей МиГ-29СМТ, а в конце 2013 г. – многоцелевых корабельных МиГ-29К/КУБ для авиации ВМФ России. Прорабатывается вопрос заказа Министерством обороны России многофункциональных истребителей поколения «4++» МиГ-35.
Подводя краткие итоги 75 лет деятельности ОКБ им. А.И. Микояна, следует отметить, что всего за прошедшие годы было разработано более 450 типов и модификаций летательных аппаратов различного назначения – от истребителей до крылатых ракет. Общий объем выпуска самолетов «МиГ» отечественными серийными авиационными заводами составил около 47 тыс. экземпляров, а с учетом производства в других странах – превысил 62 тыс. машин. На самолетах «МиГ» установлено 110 мировых авиационных рекордов скорости, высоты и скороподъемности.