Особо важной проблемой для Фонда стало сохранение за собой ведущей роли в программе стипендий и в первую очередь в тех важных областях, которые не представляли основного интереса для ВОЗ. Он дал понять, что ВОЗ должна воздерживаться от «переманивания» стипендиатов, подготовленных для проектов Фонда. Фактически он обвинил организацию в кадровом рейдерстве, что настолько встревожило генерального директора Д. Б. Чисхольма, что тот попросил у Фонда разрешения использовать его каталог стипендий для набора кандидатов для полевых проектов.
Что касается финансирования проектов ВОЗ, то Фонд никогда не делал этого, если не участвовал в их разработке, при этом стремился воспользоваться демонстрационными проектами для организации конкретных исследований. Когда в 1953-54 гг. ВОЗ столкнулась с финансовыми трудностями из-за недостаточных выплат США и была вынуждена заморозить свои расходы (не хватало 30 млн долл.), сотрудники Фонда по-наставнически поучали их техническим тонкостям. Действительно, обеспокоенность по поводу ослабления финансовой поддержки ВОЗ со стороны американского правительства была настолько велика, что её консультанты неоднократно обращалась к Фонду за помощью.
В 1953 г. при подготовке Национальной конференции по всемирному здравоохранению председатель американского Национального комитета по всемирному здравоохранению Ф. Будро был вынужден даже пригласить на неё лично Нельсона Рокфеллера для привлечения интереса к проблемам мирового здоровья и укрепления авторитета ВОЗ в глазах американской общественности.
В итоге идеология Фонда Рокфеллера в сфере контроля заболеваний и его подход к международному здравоохранению были внедрены в повестку дня и практику ВОЗ. Это происходило как непосредственно – через советы и рекомендации сотрудников Фонда, его стипендиатов и грантополучателей, которых ВОЗ нанимала для консультаций, так и косвенно, посредством его участия на протяжении многих десятилетий в разработке и поддержке крупных многосторонних учреждений здравоохранения.
Среди тех принципов, которые Фонду удалось внедрить в систему мирового здравоохранения, наиболее долговечными оказались следующие: определение повестки дня сверху; использование бюджетных стимулов; узкие вмешательства для максимизации эффективности и успеха; консенсус с помощью транснациональных профессионалов; адаптация к местным условиям. И хотя Фонд в эти годы сам и отклонялся от них, финансируя исследования по всеобщему медицинскому страхованию и поддерживая определённые усилия в области социальной медицины, это было скорее сопровождением
к международному здравоохранению, чем его основой. Так что эти принципы сохранили идеологическую значимость и удобство для бюрократической машины, о чём свидетельствует структура, стратегии и принципы глобального здравоохранения сегодня[48].Наследие Фонда в ВОЗ проявилось и в пропаганде институционализации международного здравоохранения, и в доминировании технической модели искоренения болезней и практике внешнего контроля за разработкой программ. Именно у МОЗ была перенята практика, положенная в основу важных вертикальных кампаний
ВОЗ по искоренению малярии, оспы и других болезней.Вертикальная программа представляет собой утверждённый план действий, направленный на достижение конкретного результата по индивидуально взятому заболеванию, и специально созданное для этих целей структурное подразделение. Их преимущество заключается в чётком формулировании цели, а определённый риск – в том, что направление в страны групп специалистов для борьбы с каким-либо заболеванием могло привести к тому, что национальные средства, изначально предназначенные на эти цели, могли быть перенаправлены в друге области. В таком случае получалось, что ВОЗ брала на себя часть расходов по национальному здравоохранению.
Первой масштабной программой, предпринятой ВОЗ в 1955 г., стала кампания по искоренению малярии, важной фигурой в организации которой стал Сопер, глава Панамериканской организации здравоохранения. Но она потерпела неудачу. Зато следующая программа по искоренению оспы, начатая в 1966 г., стала главным успехом, достигнутым ВОЗ в её деятельности. Но во многом это была заслуга СССР.
С возвращением СССР в ВОЗ и возрастанием его влияния в международных организациях, а также в связи с ростом числа новых, освободившихся от колониальной зависимости стран Африки и Азии, а позднее и стран Карибского бассейна, Фонд начал всё больше удаляться от ВОЗ. Причём кажется парадоксом, что произошло это именно тогда, когда у руководства этой организации, с 1953 по 1973 гг., стоял Марколино Гомес Кандау, бразильский доктор, бывший стипендиат Фонда Рокфеллера, работавший в своё время в МОЗ, то есть человек из его круга. Но, опять же, Фонд исходил из того, что, поскольку его подход борьбы с болезнями здесь прочно укоренился, активное присутствие его было излишним.