По мере того как чиновники брали на себя прямое управление этими территориями, отношение к исламу в степи переосмысливалось. Во второй четверти XIX в. они начали сомневаться в фундаментальных положениях екатерининской политики. Во-первых, имперские этнографы и казахские информанты возбудили сомнения в принадлежности кочевников к исламу. Они заявляли, что государство ошиблось, распространяя эту веру среди людей, которые совершенно не понимали религии или только слегка симпатизировали исламу. Многие из этих же наблюдателей призывали государство поддерживать обращение казахов в христианство, а не в ислам. Во-вторых, те чиновники, что были связаны и с казахами, и с мусульманами оренбургского и поволжского регионов, пришли к выводу, что екатерининская политика в отношении к исламу как бастиону государства была ошибочна.
Царские власти не прекратили поддержки исламских учреждений на всей территории империи, но пересмотрели политику религиозной терпимости в степи. Они начали рассматривать казахов как особый случай, отличая их как от мусульман соседнего оренбургского региона, так и от оседлого мусульманского населения Центральной Азии. Однажды придя к убеждению, что казахи – не настоящие мусульмане, власти стали думать о том, чтобы присвоить казахскому обычному праву (
Власти столкнулись в степи с сообществами, глубоко разделенными из‐за вопросов религиозной идентичности. В некоторых контекстах казахи считали себя мусульманами, но улемы за пределами степи и даже некоторые из казахов критиковали неоседлый образ жизни, который не позволял кочевникам строить свои собственные мечети и школы. С точки зрения критиков, они пренебрегали молитвами, образованием, постами, паломничеством и другими обязанностями мусульманина. Многие муллы считали, что казахи как народ крайне нуждаются в обучении строгому соблюдению тех норм шариата, что были объявлены ортодоксальными в медресе Поволжья и Трансоксианы.
Царские чиновники, выслушивая противоречивые заявления самих казахов о своей религиозной идентичности, становились на сторону тех из них, что мыслили сходно с ними и разделяли их цель – увод казахов от ислама. С середины века государство стало главным участником шедшей среди казахов борьбы между сторонниками шариата и хранителями обычая, адата. Некоторые русскоязычные казахи защищали ислам как инструмент «просвещения» степи; другие сомневались, что направленные Екатериной татарские учителя и миссионеры способны исполнить ее цель – цивилизовать кочевников. Казахи, отвергавшие ислам и татарское влияние, стали союзниками администраторов, которые стремились установить свой собственный авторитет в области регламентации повседневной жизни в степи. Местные администраторы в союзе с этими казахскими информантами и поддерживавшими их фракциями казахских старейшин выступали за государственную поддержку светского обычного права вместо шариата как более надежную и полезную альтернативу опоре на мусульманских служителей религии. В то же время режим взял на себя роль регулятора обычного права, связав должность судьи (
Инкорпорация казахов в империю заставила заново провести границы религиозной терпимости. Царские законы предоставили неправославным общинам «свободу вероисповедания», включая право организовывать брачные и семейные дела согласно правилам своих религий. Но в степи местные власти затруднили казахам применение исламского права и жестко ограничили доступ к муллам и святым как из Волго-Уральского региона, так и из Трансоксианы. Между 1850‐ми и 1860‐ми гг. власти пытались подавить трансрегиональные религиозные контакты, но не отказались публично от основных принципов веротерпимости, продолжая ценить ее как инструмент влияния в соседних мусульманских регионах. Кроме того, в заботе об имперском порядке власти опасались столкновений, которые мог бы спровоцировать открытый отказ от веротерпимости.