Дети священника имели определенные льготы при получении образования. Крестьянам умение читать и писать было вроде как ни к чему, насущной потребности в грамоте не было, и родители-крестьяне обычно предпочитали, чтобы их дети помогали им по хозяйству. Иное дело священник. Ели он не добьется от сына освоения грамоты, священником тот не станет. Поэтому вполне закономерно, что отец-священник не давал сыну «ни в чем потачки». А методика обучения была одна – зубрежка и подзатыльники. Покажут буквы по Часослову или Псалтири, скажут – выучи от сих до сих. Притом, если давали какую другую книгу, многие ученики приходили в полную растерянность.
В десять лет от роду в 1830 году Иоанн поступил в Мстиславское духовное училище[17]
. Дети православного духовенства принимались в училища бесплатно, программа была рассчитана на 4 класса. Учили в основном тому же, что и в гимназиях. Духовные училища находились в тесной связи с семинариями, где продолжали обучение хорошо зарекомендовавшие себя ученики. Священники в Российской Империи составляли около одного процента населения, на конец XIX века в 185 духовных училищах насчитывалось около тридцати тысяч учеников.В годы учебы Иоанну Матвеевичу, по его собственному признанию, сильно облегчало тяготы и скорби одно благочестивое правило, усвоенное им от родителей: по субботним и воскресным дням читать акафисты Пресвятой Богородице и Сладчайшему Иисусу. Отец Иоанн пишет:
В семнадцать лет Иоанн поступил в Могилевскую семинарию и окончил ее через шесть лет по высшему (первому) разряду. С такими результатами не было никаких препятствий для поступления в Академию. Собственно, Иоанн Матвеевич так и хотел. Войдя во вкус постижения ученой премудрости, он желал продолжить образование, но ректор семинарии отсоветовал ему. Как пишет Иоанн, отец ректор сказал:
И на сей раз Иоанн Матвеевич воспринимает совет ректора как знак свыше и не пытается следовать своему желанию, а опять смиренно следует совету и устраивает свою судьбу, уповая на Господа. Он пишет: «