В 1870 году отца Иоанна награждают саном протоиерея, а через пять лет, в 1875 году, он получает еще одну награду: орден св. Анны 2-й ст.
Интересно, доводилось ли сожалеть ли отцу Иоанну, о том, что ректор отсоветовал ему дальнейшее обучение из-за внешней невзрачности? Едва ли – ведь для отца Иоанна главным было служение Господу. Не раз отмечает он в своих записках, что все внешние обстоятельства находятся в руке Господней, и нет ничего лучшего в земной жизни как довериться Богу. Тогда Господь не оставит такого человека без Своей милости.
После Крымской войны отца Иоанна перевели в 105-й пехотный Оренбургский полк. Теперь он был благочинным в 27-й пехотной дивизии.
Когда на Балканах разразилась новая война с Турцией (1877–1878 года), отец Иоанн опять отправляется на фронт. На сей раз Россия заступилась за Болгарию и Сербию. Несмотря на то, что Россия опять рисковала встретить отпор объединенной Европы, как это было в Крымской войне, так как Англия не желала укрепления России на Балканах, настроение было единодушным: на Балканы шли толпы добровольцев. Добровольцами на фронт отправились врачи Н.И. Пирогов, С.П. Боткин, Н.В. Склифосовский, писатели В.М. Гаршин и В.А. Гиляровский. И.С. Тургенев, которому было уже 60 лет, писал: «Будь я моложе, я сам бы туда поехал». И даже Л.Н. Толстой, известный своим непримиримым отношением к войне в более позднем возрасте, вздыхал: «Вся Россия там, и я должен идти».
О помощи русских в этой войне до сих пор хорошо помнят на Балканах. В Болгарии, например, во время Великого входа на Литургии продолжают поминать Александра II и всех русских воинов, павших в Русско-турецкой войне 1877–1878 годов.
За участие в войне отец Иоанн был пожалован орденом св. Владимира 4-й ст. Награда орденом св. Владимира, полученным за участие в войне, лишь на одну ступень уступает ордену св. Георгия. В 1880 году отец Пятибоков был назначен настоятелем собора отвоеванной крепости Карс (после 1917 года вновь отошедшей к Турции). Это было повышение, хотя Карс был, говоря современным языком, «горячей точкой». Служба в Карсе, однако, не сложилась. Отец Иоанн говорит:
Карский военно-крепостной собор. После взятия крепости восстановлен из развалин храма IV–V вв., и освящен в 1879 г. Десятки священников получили наперсный крест на Георгиевской ленте за штурм Карса
Что произошло в Карсе, в своих записках отец Иоанн не пишет, но это открывают архивы. Во время службы у него случилось два конфликта: с другим священником собора Виктором Гречко, а потом с комендантом крепости генерал-майором Ивановым.