Комендант просит удаления священника
В числе проступков Пятибокова комендант видит такой факт. Однажды во время богослужения отец Иоанн, увидев его беседующим с плац-майором (как пишет комендант – по служебным делам), послал причетника сделать им замечание, тем самым скомпрометировав их перед всеми прихожанами.
После этого комендант и плац-майор буквально засыпали письмами Главного священника Кавказской армии, требуя перевода отца Иоанна, «
После этого случая военное руководство даже требует комиссию
Главный священник Кавказской армии С.И. Гумилевский пытался замять конфликт и предлагал Пятибокову перевод в Севастопольский морской собор, хотя бы и с меньшим окладом жалованья.
Но, в конце концов, отец Иоанн был вынужден в августе 1882 года подать прошение об отставке.
Протоиерей Иоанн Пятибоков, 1880-1890-е годы
Примечательно, что заместитель С.И. Гумилевского протоиерей Димитрий Виноградов Главному священнику армии и флота П.Е. Покровскому писал:
Вообще же, по закону, денежные же средства полковой церкви находились под совместным контролем священника и ктитора, назначенного от командира полка, и расходовались с их общего согласия и разрешения командира. В целом можно отметить, что отношения священнослужителей с военным начальством далеко не всегда складывались гладко. Командиры часто воспринимали духовное лицо как одного из своих подчиненных и не терпели никакого ограничения своей власти. Если духовное лицо становилось жертвой интриг и злоупотреблений командира полка, священнослужитель просто переводился в другую часть.
Выйдя в отставку, отец Иоанн вернулся в свое родное гнездо в Вильно (ныне Вильнюс) и до кончины прожил вместе с семьей в полном уединении, чтениях Священного Писания и молитвах. Почти ежедневно он ходил на службы в местный Свято-Духов монастырь, где нередко и сам совершал богослужения.
Скончался он 7 января 1896 года. Священники всех воинских частей, расположенных в городе, приняли участие в соборной панихиде по усопшему. На братском собрании виленского духовенства было решено ходатайствовать перед протопресвитером о сооружении памятника и учреждении стипендии имени отца Иоанна Пятибокова для вдов и сирот. Предлагалось также издать для распространения портрет отца Иоанна. Протопресвитер Александр Желобовский поддержал инициативу, и эти вопросы были обсуждены на собрании Духовного правления при протопресвитере в Санкт-Петербурге. В апреле 1896 года было решено издать брошюру об отце Иоанне в количестве нескольких тысяч экземпляров и поставить памятник на могиле героя.