Однако и казакам оборона Азова далась дорогой ценой. Из 5367 казаков, участвовавших в обороне крепости, погибло около 3000. И это не считая попавших в плен. Такие огромные потери поставили вопрос о возможности выдержать еще одну осаду.
В апреле 1642 года казаки совершили морскую вылазку из Азова. На 11 стругах отряд атамана Осипа Колуженина напал на крымское побережье недалеко от Керчи для захвата пленных и получения известий о планах турок и татар. В результате захваченные языки сообщили, что турки перевозят под Азов лес для строительства крепости на Мертвом Донце. Она должна была стать базой, откуда турки собирались действовать при новой осаде в 1642 году.
Единственным способом сохранить крепость было включение ее во владения Русского государства Атаманы Войска Донского обратились в Москву с просьбой решить эту проблему. Для решения вопроса об Азове в Москве был созван Земский собор, работавший с 3 по 13 января 1642 года, он высказался за оказание помощи Войску Донскому и приятие Азова в состав государства. Однако правительство Михаила Федоровича рассудило иначе. В грамоте от 30 апреля того же года царь приказал казакам оставить крепость. 28 мая в Азов прибыло посольство во главе с М. Засецким.
Узнав о царском решении, казаки согласились оставить крепость, поскольку удерживать ее казаки не могли. Укрепления были сильно разрушены, а сил и средств для их восстановления не было. Атаманы просили Москву прислать для восстановления крепости специалистов, однако это шло вразрез с политикой Русского государства. Прямое участие в азовских делах грозило полномасштабной войной с могущественной Османской империей. Военных возможностей для этого не было, поэтому летом, как только появились известия о приближении турецкого флота в 1642 году, казаки сами оставили Азов, разрушив все, что было возможно.
Прибывший в 1642 году в Азов с флотом из 38 галер Мустафа-паша нашел пустынную разрушенную крепость практически без крепостных стен. Султану пришлось пригласить для ремонта стен генуэзских мастеров, которые в спешном порядке начали реконструкцию крепости для защиты выхода в море. Стремясь скорее восстановить их, турки спешно построили временный частокол, а поскольку вокруг не было ни леса, ни каменоломен, им пришлось использовать запасные стеньги и мачты от кораблей для обжига кирпича, из которого сложили новые стены.
Заняв крепость, турки оставили здесь гарнизон из 26 тысяч человек. На протоке Каланча поставили две башни и между ними протянули цепь. Кроме того, они начали строительство крепости на Мертвом Донце. В 1643 году они предприняли поход против казаков, разгромив Монастырский, Черкасский городок и Маныч. Донцы ушли выше по течению в Раздоры. Однако ненадолго и вскоре вновь заселили низовья Дона.
В 1643 году в результате переговоров с Османской империей было заключено соглашение о заключении мира. В обмен на запрет Михаила Федоровича казакам ходить к Азову султан Ибрагим дал обещание не нападать на русские земли и освобождать пленников, захваченных татарами. Кроме того, был произведен обмен пленными без всякого выкупа.
После этого произошло временное улучшение русско-турецких отношений. Но это было лишь затишье перед началом новых кампаний.
ПОХОДЫ КАЗАКОВ ПО ЧЕРНОМУ И АЗОВСКОМУ МОРЯМ ВО ВТОРОЙ ПОЛОВИНЕ XVII ВЕКА
В апреле 1644 года казаки вновь поставили городок на Черкасском острове на Дону, чтобы охранять проходы в верховья реки. К тому времени у царского правительства появились две большие проблемы: набеги крымских и ногайских татар и рейды запорожских черкас, находившихся на польской службе или промышлявших банальным разбоем Татары после захвата Азова снова начали совершать набеги на казачьи городки. В мае 1644 года они разорили и сожгли Голубой городок, а в октябре того же года Кагальник. В ноябре большой отряд крымчаков и ногайцев подошел к Черкасскому городку, однако взять его не смогли.
Сложнее всего было с украинцами, пришедшими на Дон. Многие из них стремились перейти в русское подданство, участвуя вместе с донцами в военных походах, другие же, напротив, рассматривали русские земли как объект грабежей. Ввиду хаоса, который царил на южном порубежье в то время, определить, какова цель того или иного вооруженного отряда, было крайне сложно.