Так, в процессе работы Правительственной комиссии были отмечены серьезные нарушения в отработке повседневной и боевой организации на линкоре, но не выявлены причины такого явления и не названы лица, виновные в этом явлении. При том, что в входе работы комиссии и ее отдельных секций неоднократно упоминался факт катастрофы с линкором «Императрица Мария», возникает подозрение, что члены комиссии не в полной мере были знакомы с материалами расследования причин гибели этого линкора. В противном случае тот же председатель комиссии Малышев обратил бы внимание на то, что в выводах комиссии, возглавляемой адмиралом Яковлевым, предлагалось предать суду тех, кто командовал линкором в период отработки основ корабельной организации, отдельные недоработки или изъяны которой проявились в обстановке, предшествовавшей катастрофе. Так, в первую очередь к ответственности был привлечен контр-адмирал Казимир Порембский — первый командир линкора, командовавший им до мая 1916 года, и последний командир — капитан 1-го ранга Кузнецов, при котором произошла катастрофа. Кроме того, в качестве обвиняемых были названы старший офицер линкора — капитан 2-го ранга Городысский и старший артиллерист — старший лейтенант князь Урусов. И это притом что Кузнецов, Городысский и Урусов находились на линкоре в момент взрыва и каждый из них по кругу своих обязанностей принимал меры к спасению линкора. Основная же вина Казимира Порембского, на момент катастрофы — командира бригады линейных кораблей, была усмотрена в том, что в период его командования линкором закладывались основы повседневной и боевой организации линкора. Как известно, Командующий флотом вице-адмирал Александр Колчак прибыл на борт «Марии» лишь для того, чтобы, объективно оценив обстановку, дать приказ спасать экипаж и открыть кингстоны для затопления линкора.
Если бы на «Новороссийске» была в полной мере отработана повседневная и боевая организация, то офицеры, остававшиеся на корабле, в должном объеме обеспечили бы борьбу за спасение линкора и не допустили бы гибели столь значительной части его экипажа. Многим из тех, кто был в ту трагическую ночь на линкоре, запомнилось, как контр-адмирал Лобов по запросу командиров аварийных партий с крейсеров дивизии организовывал доставку на линкор аварийного имущества, как старший помощник командира крейсера «Фрунзе», капитан 2-го ранга Амбокадзе, прибывший на линкор следом за своей аварийной партией, выполнял роль посыльного при командующем флотом. Кстати, примерно в такой же режим включился и прибывший с большим опозданием на аварийный линкор и врио командира капитан 2-го ранга Хуршудов.
Это свидетельствовало о том, что обеспечивавшая смена офицеров и мичманов оказалась не в состоянии в должной мере обеспечить организацию борьбы за живучесть на аварийном корабле. Как выяснилось впоследствии, из 20 офицеров, составлявших обеспечивавшую смену в тот трагический для линкора день, было только 8 строевых офицеров. Этого числа офицеров было вполне достаточно для обеспечения повседневной организации на линкоре, но оказалось чрезвычайно мало для напряженной борьбы за спасение корабля, терпящего бедствие.
Если бы командование линкором возглавило и обеспечило процесс борьбы за спасение корабля, то даже в случае катастрофы и гибели части личного состава обвинения в адрес командования эскадрой и флотом носили бы вторичный, а не основной характер. В нашем же случае, в силу все тех же изъянов корабельной организации, на линкоре не оказалось ни командира, ни старпома, способных возглавить экипаж, в этой критической для корабля и опасной для экипажа ситуации. Не было на корабле и штатных командиров БЧ-5, БЧ-2, БЧ-4, каждый из которых на своем уровне организовал и возглавил бы свои боевые части в общекорабельной организации борьбы за спасение корабля. Именно по этой причине группа высокопоставленных «аварийщиков», прибывшая на линкор во главе с командующим флотом вице-адмиралом Пархоменко, пыталась взять на себя управление аварийным кораблем, но своими противоречащими Корабельному уставу и здравому смыслу действиями вместо реальной помощи экипажу лишь приблизила катастрофу линкора. Приняв же на себя значительную долю обвинений в катастрофе и понеся при этом самую минимальную из заслуженных ими кар, они, по сути дела, сделали неактуальными (?) дальнейшие претензии к бывшим командирам и механикам линкора за все те безобразия, что выявили члены Правительственной комиссии в вопросах повседневной и боевой организации корабля.