Дети стали болью великого эмира. Поэтому все его внимание было сосредоточено на внуках, которым дали прекрасное воспитание, ведь это было делом государственной важности. Окруженные почти со дня рождения заботами специально подготовленных для этого лиц, царевичи, подрастая, поручались особым воспитателям — атабегам. В обязанности атабега входило обучить ребенка всему, что могло понадобиться будущему государю. Самые способные из внуков эмира поступали под особый надзор и приближались ко двору. С этого времени они могли принимать участие в торжественных церемониях. Проявляя большую осторожность в выборе преемника, Тимур все же заметно отличал среди всех внуков сына Джахангира и Суюн-Ага, внучки Узбек-хана, Мухаммад Султана, и этот царевич считался первым претендентом на звание наследника престола. Любимец Тимура проявлял столь важные для этого качества: пониамние военной стратегии, выносливость, был вдумчивым и интересовался государственными делами. Наследный принц принимал участие в различных военных предприятиях, доходил с войсками до западного берега Малой Азии, но внезапно, возвращаясь из похода, заболел и умер весной 1403 года.
Как уже говорилось выше, неожиданная смерть 29-летнего любимого внука выбила великого эмира из колеи. В войсках был объявлен траур, продолжавшийся несколько дней. Армия облеклась в одежды черного и синего цветов. Запрещено было даже ездить на белых конях. Поминки были очень масштабными, богатыми. Тело внука отвезли в столицу империи — Самарканд. Здесь прах царевича был предан погребению в построенном им самим при жизни медресе. Даже год спустя боль утраты скорбящего деда так и не утихла. В день смерти царевича Тимур устроил поминки, сопровождавшиеся угощением и религиозными обрядами. Вскоре по возвращении Тимура в Самарканд, в конце лета того же года, им был отдан приказ построить рядом с медресе Мухаммад Султана купольный надгробный мавзолей, более достойный упокоить в своем склепе останки его наследника. Так, осенью 1404 года было положено основание прекрасному зданию, задуманному как личный мавзолей любимцу-внуку, который превратился некоторое время спустя в фамильную усыпальницу Тимуридов и известен ныне как Гур-Эмир, что значит «гробница эмира».
Под мавзолей отвели площади в двадцать четыре на двадцать пять метров. Имеющий снаружи вид восьмиугольника, мавзолей опирается на фундамент, утопленный в грунт на целых четыре метра, и уходит вверх на сорок метров, благодаря чему гармонично сочетается с портиком и минаретами, одни из которых достигают высоты двенадцати метров, а другие — более двадцати пяти метров. Восьмиугольник внизу опоясан мраморным цоколем, выше него расположены желтоватого цвета кирпичи, между ними вкраплены другие, покрытые голубой и ультрамариновой глазурью. Этими кирпичами на разных размеров геометрических панно коричневого цвета выложены имена Аллаха и Мухаммеда. Самым красивым элементом Гур-Эмира является его ребристый купол, который сложен из майоликовых кирпичей бирюзового цвета, с нанесенными желтыми и ультрамариновыми пятнами.
Строительный сезон 1404 года подходил к завершению, и работы должны были вот-вот прекратиться, когда в конце зимы скончался Тимур, так и не видевший предназначенной внуку усыпальницу.
Смерть полководца в самом начале крупнейшего военного предприятия (поход на Китай) была неожиданной. Остро стоял вопрос о престолонаследии, возникли справедливые опасения политических осложнений на границах империи и смут внутри государства. Взвесив все, приближенные великого эмира постарались в первое время скрыть факт его смерти. Надушенное благовониями, розовой водой, мускусом и камфарой тело Тимура было положено в гроб и темной ночью спешно отвезено в Самарканд на украшенных драгоценными камнями и жемчугом носилках под видом возвращения из ставки в столицу одной из женщин гарема правителя. А через день вслед за ним туда же выехали царицы и царевичи. В Самарканде останки Тимура тотчас предали погребению в склепе при медресе Мухаммад Султана, где уже покоился прах любимого внука эмира.
Несмотря на принятые меры предосторожности, весть о смерти Тимура быстро разнеслась по стране. Она стала известна всем в Самарканде уже к моменту прибытия к городским воротам цариц и царевичей. Бывшие с ними военачальники и некоторые из царевичей не были пущены в столицу из-за невыясненного вопроса о престолонаследии. Остальные, вместе с царицами, получили разрешение войти в город и направились к медресе Мухаммад Султана. Здесь в знак траура царицы и другие знатные женщины расцарапали и почернили лица, рвали волосы, бросались на землю и посыпали головы пеплом.